配合明军大败流寇，斩获一千三百三十三人，收降流寇将领二十五人，得到不计其数的兵器和马骡。
打得流寇：西营八大王（张献忠）只剩下十个人落荒而逃。
虽然是明陕西总镇巡抚亲自指挥作战，而明兵部尚书却远在襄阳府，但等到评定功绩时，封赏的一半功劳却归了明兵部尚书，却只让明陕西总镇巡抚：郑崇检，升官一级，恢复以前所降的那一级罢了！
朝廷则赏明兵部尚书：杨嗣昌，饷银万两黄金、赐「斗牛服」一件，又赐海骝马一匹、枣骝马一匹、金鞍二块，命他驻守襄阳府调兵会剿，并以陕西承宣布政使司兴安州兴安守御千户所一路为主，还斩杀指挥不利的明汉中府监军：殷太白。
而农民军：曹操（罗汝才）趁机掠夺河南承宣布政使司汝宁府信阳州（信阳卫）、光州。
3月17日，明兵部尚书：杨嗣昌，到达兴都留守司承天府荆门州，设立剿贼大本营，以新募湖广承宣布政使司杀手二千人隶属，更以各州府县土司骑兵为上将营，新招抚降丁皆隶从，以明蓟州总镇中协总兵：猛如虎，为主将。
4月初4日，罢除明郧阳府巡抚：王鳌永，官职，以略懂军事战机的明都察院右佥都御史：袁继咸，代替。
5月初9日，农民军：曹操（罗汝才）、过天星（惠登相）、西营八大王（张献忠）等七股流寇西逃，尽入四川承宣布政使司。
使得明湖广总镇监军：万元吉，率军死守夔州府。
但依旧被流寇们攻陷了夔州府大昌县，还乘船顺着大江（长江）而下，一路炮轰并劫掠沿岸的夔州府首府奉节县（翟塘卫）、巫山县，等地军民钱粮。
驻守在重庆府的明石柱宣慰使兼二品诏命夫人：秦良玉，亲自率领川军白杆兵北上与明湖广总镇监军合兵，以舟师由夔州府巫山县上三峡。
流寇十三哨连忙过夔门（翟塘峡）由农民军：曹操（罗汝才）殿后，负责对付追击而来的明军，致使沿岸明军们遥望距离太远，只能开炮示威。
流寇们准备渡河西行，但中途被明湖广总镇监军：万元吉、明平贼将军：左良玉、明石柱宣慰使：秦良玉、明四川总镇巡抚：邵捷春，打得汇聚在夔州府首府奉节县与翟塘卫一带。
本来作战最猛的陕西都指挥使司明军乃是流寇们的克星，再加上所部多有流寇降丁，所以作战起来异常凶猛。
但是明援剿总兵：贺人龙，却因为之前明兵部尚书答应赐给他的「平贼将军」称号，今给了左良玉，因此对于兵部的调令，几乎不怎么听从。
此时流寇：曹操（罗汝才）、过天星（惠登相）等部从夔州府后山抄掠粮食，明军则分守诸隘让流寇们略无所得。
其中明翟塘卫指挥佥事：罗于莘，还主动出击，打败农民军：过天星（惠登相）于夔州府大宁县郑家寨，仅剩下过天星带领百人逃走。
由于流寇们被明军围困，只能往西走过夔州府万县下梁山县，故此明四川总镇总兵：郑嘉栋、明翟塘卫镇抚使：张应元、明夔州府左参将：汪云凤，会通明援剿总兵：贺人龙、明陕西总镇总兵：李国奇，跟在后面追击流寇。
在派明军骑兵先行守住山寨，不让流寇进入，又斩杀了流寇七百人，生擒贼将：自来虎，等七十一人，夺甲仗马骡无数。
流寇就退到马家寨羊桥村四处劫掠，还被石砫宣慰使司川军白杆兵趁机围攻住马家寨，复斩流寇七百人，并刺死贼将：东山虎。
随后流寇们屯兵在夔州府云阳县谭家坪南北两山，明军分道并进还入山围剿。
吓得南山的流寇们听闻风声后，当即就拔寨先走了，仅留下北山的流寇们出击与明军交战。
明军以火器在中，士兵在前，迎面而上，流寇们损失惨重，只能以弓箭、火铳反击，不得已退守山巅不动。
但明军依旧分兵绕到山后，前后两军一起围攻，打得流寇们窜走山湖涧道。
原本骑马持火铳射击的明军将领们皆下马，手握兵器进山中杀敌，从龙溪谷追奔流寇四十里地，斩杀流寇四百三十人，导致流寇败走仙寺岭。
5月21日，各路明军会聚在仙寺岭上，以多发速射火器进攻。
神火飞鸦烧毁流寇大营让其混乱，在追上去斩杀一千人，陕西承宣布政使司明军还夺了流寇：曹操（罗汝才）大旗，擒获流寇：老管队、副塌天，部分流寇们开始突围，逃向七箐坎入干溪山中。
次日午时，农民军：曹操（罗汝才）、过天星（惠登相）等流寇以翟塘卫水位上涨，不得渡河，便进犯夔州府首府奉节县下关城。