、明夔州府总兵：杨世臣，等将领们一起搜山。
至此中原流寇渐少，大部分流寇俱逃入陕西承宣布政使司、湖广承宣布政使司的大山之中。
明四司总督：卢象升，就上奏称“陕西承宣布政使司、河南承宣布政使司、湖广承宣布政使司、湖广行都指挥使司大山绵亘万里，流寇们出没无端，若奋剿穷追何地可歇！凡崇冈峻岭，密箐深林扳木悬崖，日行三四十里，马不能进人苦于登，此时折银无所用，本粮无从运，车驴无所施，势必以人负米二斗随兵来往，日食一升供兵，十日而二斗之粮尽，无论此十日内遇贼胜负，而以千兵入，须千人肩运万兵入，须万人肩运，即贼不出而俱归于尽矣。”
接着河南承宣布政使司南阳府首府南阳县（南阳卫、南阳中护卫）藩地内，明唐亲王：朱聿键，深明大义体察民情，当即就上奏朝廷，称“南阳府境内饥民众多，竟有其母烹其女者相食之，恳求朝廷发粮。”
但却被朝廷驳回奏章，还以藩王干政为由，命宗人府管制唐亲王藩。
随后明陕西总镇巡抚：甘学阔，因剿贼不利被明毅宗：朱由检，下令削职，以明顺天府府尹：孙传庭，代之。
此刻农民军：闯王（高迎祥）、蝎子块（拓养坤）自兴安州兴安守御千户所入汉中府褒城县，致使明瑞安亲王：朱常浩，再次发出求救信号，让明军们前来围剿流寇。
而明郧阳府巡抚：宋祖舜，也被削职，以追寇失利收缴其符印。
4月16日，以明都察院右佥都御史：苗胙土，代替〈郧阳府巡抚〉官职，当即就免除了郧阳府八个县的田租。
5月13日，朝廷下诏大赦山西承宣布政使司、陕西承宣布政使司胁从群盗，令地方多方安插人员看守，以消除造反之心，违者重治之。
同时陕西承宣布政使司农民军：过天星（惠登相）复叛于延安府，图谋渡河入山西承宣布政使司，而流寇：闯将（李自成）、老回回（马守应）、混十万（马进忠）等数部，则从湖广承宣布政使司、山西承宣布政使司入西安府商州雒南县，大山当中。
明重庆府总兵：秦翼明，击败流寇于襄阳府南漳县山中，明延绥总镇总兵：俞冲霄，则击败流寇于延安府安定县（安定守御百户所）。
朝廷急命明兵部职方清吏司员外郎：包凤起，缴诏下去招抚群盗。
6月14日，明五司总督：洪承畴，上言道“汉中府今实数共有步骑一万三千人，先选川军五千人俱为步卒，专用西安府蓝田县、商州雒南县，等处堵截剿贼，而陕西承宣布政使司、河南承宣布政使司接界之寇，先是闯将：李自成，约有三万人、混天王：张应金，约有二万人、过天星：惠登相、满天星：张大寿，约有三万人，历次被我军剿散，今混天王逃延绥总镇势孤，复合闯将、过天星、满天星，等部一起逃奔延绥总镇，犹可督责收拾，而闯塌天：刘国能、闯王：高迎祥、蝎子块：拓养坤，俱出郧阳府、襄阳府已奔汉中府而来，我军定当力图协剿。”
7月18日，陕西承宣布政使司的流寇，攻陷了巩昌府成县。
接着明陕西总镇巡抚：孙传庭，击败流寇于西安府盩厔县，亲自擒拿住农民军贼首：闯王（高迎祥）以及农民军：刘哲，等部流寇，并押送往京师献俘于阙下，被明毅宗磔斩于市。
迫使农民军：蝎子块（拓养坤）败走河西方向。
明大同左卫指挥使：曹变蛟，配合围攻流寇，打得闯将（李自成）还剩下几百人，仓惶逃入西安府商州。
但马上就有流寇：高一功，带着一万农民军前来助他，其中流寇：高一功，的姐姐：高桂英，文武双全很得闯将：李自成，的喜爱。
为了拉拢人心，流寇：闯将（李自成）就跟高桂英走得很近，渐渐地也就产生了爱恋之情，这也是他的第三任夫人。
8月19日，农民军：老回回（马守应）焚毁开封府杞县西关乡，企图联络分散在中原之间的群盗时散时合。
9月11日，因东虏建奴鞑子入侵，使得京师在度戒严，朝廷急调明四司总督：卢象升，总督各镇兵马入援，还改封他为宣大总督兼管山西行都指挥使司军务。
此时南阳府藩地内的明唐亲王：朱聿键，则上疏请求率军勤王。
但一时没有得到批准！他便自行亲率唐亲王府仪卫司、唐亲王府护卫指挥使司（南阳中护卫）三千人北上勤王。
在走到南阳府裕州时，由河南都指挥使司、河南提刑按察使司、河南承宣布政使司，这三司向明都察院河南道监察御史：杨绳武，汇报情况。
在一起上奏朝廷，弹劾道“藩王无诏，私自出封地，乃属于造反大罪！”