还在南直隶奔逃的流寇们，又攻陷了庐州府巢县、舒城县，以至于明舒城县知县：章可试，关闭三门，只开西门诱敌深入，让其陷于深坑当中斩死1千人。
因而让流寇们吃亏，转而去掠夺庐州府六安州霍山县、庐州府首府合肥县（庐州卫）。
未时，农民军们围攻六安州（六安卫），破州城之后流寇们聚集干柴百梱，在城内点火焚烧，听其哀号为笑乐！又把数千官员夫妇去掉衣裳，驱赶到城下集体侮辱，若有抵抗立即杀之，掠夺三日才逃走。
朝廷得知南直隶有变，就让户部拿出内帑二十万两黄金当做剿饷、又发太仆寺十万两黄金，输送到陕西承宣布政使司西安府。
其中湖广承宣布政使司出饷银十九万两，发放给重镇官兵，而各部盐课提举司出饷银十万两，送交南直隶淮安府、扬州府，等地以防流寇。
正月27日，明五司总督：洪承畴，调集南北两军七万人、马一万五千匹，再让户部发给每位士兵一日三分银（约等于21文钱，21个铜板）、米一升五合、马日草一束、后勤火头军一日二分银（约等于14文钱，14个铜板）、豆三升、二分银总计五个月，约为十一万两白银。
随后明军们士气大振，火速追击流寇，迫使农民军急忙从庐州府舒城县抵达庐江县，城内的军民们见状，连忙以金银恳求流寇不要屠城，在佯装答应流寇们进城。
待夜半时分，流寇们驻扎下来之后，军民们就直接袭击城内的流寇，逼得流寇们连夜逃走，前去庐州府无为州。
此刻明五司总督才刚抵达河南承宣布政使司，就吓得中原境内的流寇们，又跑去西安府潼关卫境内。
而明五司总督则派遣了明河南府副总兵：来胤昌，以1千2百人前往陕西承宣布政使司西安府镇守，在令明重庆府总兵：秦翼明、明重庆府左参将：游来，朝官道向南直隶徐州（徐州左卫）方向出发，速去围剿江南流寇。
此刻农民军：满天星（张大寿）、西营八大王（张献忠）等部，正在攻打安庆府桐城县，但是久攻不下。
故此流寇骑兵们只能绕着城下呼降，守城明将们则用弓箭、火铳，射中其满天星的腰，让他夜走安庆府潜山县、太湖县，之间。
不过山中多有山贼、猎手，专射虎豹，且药弩窝弓都设有，听闻流寇肆意妄为，便联合在这一带结寨杀贼，让流寇们吃了亏，不敢与山贼们硬碰硬。
毕竟后方还有大批明军追兵，所以流寇们便向西，进入湖广承宣布政使司黄州府麻城县内避难。
2月10日，部分还在南直隶的流寇们，攻陷了安庆府潜山县，在转入湖广承宣布政使司黄州府罗田县。
同时明山西总镇总兵：曹文诏，正在河南承宣布政使司围剿开封府陈州（陈州卫）、许州，等地流寇，而湖广承宣布政使司的流寇们依旧还未逃出南直隶，还在攻打安庆府太湖县。
以至于中原流寇们迫于诸路明军的收缩合力围剿，不得不从南阳府南下。
又在明唐亲王：朱聿键，出钱粮的情况下，使得明军士气再次高涨，逼迫流寇不得不从湖广承宣布政使司德安府应城县，转移阵地进驻到襄阳府枣阳县境内。
在河南承宣布政使司汝宁府的流寇们，也南下进入了湖广承宣布政使司黄州府。
这下明荆简亲王：朱慈烟，又开始难过了！他不停地写信，让各地驻军抵抗流寇，严禁劫掠藩地物资，以做到保境安民。
还在凤阳行都督府颍州（颍川卫）的流寇，开始逃入南直隶庐州府六安州英山县、霍山县、湖广承宣布政使司黄州府蕲州（蕲州卫）一带，劫掠附近州府县地区。
其中在河南承宣布政使司河南府卢氏县（卢氏守御百户所）、陕州灵宝县，一带的陕西流寇们，开始西去劫掠西安府潼关卫，以及西安府一带州县。
而西安府商州雒南县的流寇又折入汉中府，约有六七万人，致使西安府诸州县并遭蹂躏！有流寇四大营北渡渭河，突破西安府邠州、耀州，之间的明军防御。
山西承宣布政使司的流寇们，则继续在平阳府境内劫掠，情况一度对朝廷来说非常不利！
此刻朝廷派遣来的明凤阳行都督府总镇巡按兼都察院广东道监察御史：吴振缨，在来到凤阳行都督府中都留守司皇陵卫时，见到一片被烧过的废墟。
被吓得他赶紧从马上下来哀嚎哭泣，还立刻上报朝廷皇陵卫的情况。
次日子时，在京城内大批文武官员们，先后开始更衣起床，走过皇城各门进入紫禁城午门处，等候旗手卫们准时敲钟击鼓。
到了夜半时分也就是寅时初，旗手卫们就开始击鼓并且打开午门的城门了，文武官员们按照官职等级，陆续从午门旁边的左右掖门进入。
一直来到皇极门（御门）前，依次按照队列排序站好，等候更换了皮弁服的大明天子来到御门外，接受文武百官们的朝拜。
在几声山呼万岁礼毕