翊铭，非常害怕！他连忙上奏朝廷，要弹劾地方驻军们防守不利罪。
明兵科左给事中：常自裕，也急忙上奏称“中原天下安危所系，今群盗充斥，乃仅以左副总兵一旅战渑池县，而陈左参将等数营扼守汝州（汝州卫），陈总兵则孤军堵在南阳府，贼势日众兵力日分，贼有二三十万，大小七十二营，蜂屯至汝州伊阳县、开封府郑州、南阳府首府南阳县、西安府商州雒南县之间，以数千官军东西堵拒，贼何所畏而不长驱哉！乞更选边兵，统以廉勇之将，特选重臣视师，庶腹心不致决裂也。”
接着河南承宣布政使司的流寇们知道有明军围剿，就复逃回陕西承宣布政使司汉中府，攻陷了宁羌州（宁羌卫），在转入临洮府、巩昌府，一带州县内大肆劫掠。
而来到南直隶的流寇们，则继续攻陷了凤阳行都督府寿州霍丘县。
这使得兵部急忙商议，抽调西北部边军以及中原南兵，共七万二千人、粮食九十三万六千石，并发库银二十万两，齐赴督臣军前，更命明五司总督：洪承畴，统率大兵立刻东出西安府潼关卫，前去节制诸路总镇巡抚、总镇总兵，一起合力剿贼，并限期六个月之内，要彻底扫荡清除流寇。
如仍留余孽，则总督、总镇巡抚诸臣们当除以重典，其禁止一切听督臣概不中制，明五司总督领旨后，急忙率军赶赴河南承宣布政使司。
待明五司总督一撤，陕西承宣布政使司的流寇们，立刻就攻陷了平凉府泾州灵台县，致使明韩穆亲王：朱亶塉，只能自己写信请求平凉府固原州固原卫总镇军队，出兵抵抗流寇。
而河南承宣布政使司流寇们，开始兵分三道；一路入庐州府六安州（六安卫）、一路入凤阳行都督府寿州（寿州卫）、一路入凤阳行都督府颍州（颍川卫）、寿州蒙城县。
很快南直隶凤阳行都督府颍州（颍川卫）就沦陷了，明颍州知州：尹梦鳌、明凤阳行都督府通判：赵士宽，直接斩杀妻室并自尽殉国而死。
随后流寇们就来到了凤阳行都督府首府中都留守司凤阳县境内，辖区的明中都留守司留守：朱国相，连忙召集了凤阳右卫、凤阳中卫、皇陵卫、凤阳卫、留守左卫、留守中卫、长淮卫、怀远卫和洪塘守御千户所兵马进行抵抗。
这时中都留守司内，以明中都留守司留守：朱国相，为主，率领着明凤阳卫指挥使：袁瑞徵、明凤阳右卫指挥佥事：吕承蔭、明凤阳中卫指挥使：郭希圣、明皇陵卫指挥同知：张鹏翼、明留守左卫指挥使：周时望、明留守中卫指挥佥事：李郁、明长淮卫指挥同知：岳光祚、明怀远卫指挥使：陈弘祖、明洪塘守御千户：陈其忠、明洪塘守御千户所镇抚使：金龙化，等将领率部四千明军出战迎敌。
农民军主力部队则由首领：闯王（高迎祥）、西营八大王（张献忠）、闯将（李自成）、老回回（马守应）等部率领，包围了凤阳行都督府境内各大州县卫所。
击溃这股应战明军，开始杀入皇陵卫，把二万二千六百五十三间亭台、楼阁、宫殿、庙宇，等全部焚烧为灰烬，并且斩杀守陵宦官者六十人，还放出高墙内罪宗者百余人。
农民军：扫地王（张一川）、太平王，等将领入〈凤阳行都督府〉内，明凤阳行都督府知府：颜容暄，急忙穿上囚服混入狱中，却不料被流寇们抓获。
农民军：西营八大王（张献忠）击鼓高坐堂上，下令杖打明凤阳行都督知府将其杖毙！
就连卧病在床的明凤阳行都督府推官：万文英，等六位官员，四十一位武将也皆被流寇杀害，士大夫被杀者有数万人，官员夫人有孕妇者还被剖腹，又把婴儿用「槊」刺死！
为此流寇们还高举旗帜，写着「古元真龙皇帝」六个大字，既；蒙元帝国之后的大宋天子，指续~小明王：韩林儿，政权统治。
农民军各部首领们，合乐共饮庆贺胜利，并开始劫掠凤阳行都督府三日。
但很快明凤阳行都督府监军：卢九德、明登莱总兵：杨御蕃，就带三千川军与英武卫、飞熊卫、长淮卫，一同前来救凤阳行都督府，恰好与赶到的南直隶应天府南京城中军都督府卫所军相遇。
而流寇们得知大批明军即将到来，就用竹席往皇陵卫里面的神祠上盖去，不想让大明先祖们看见自己的罪行（毕竟都是穷人出身！）在用瓜皮锤、破甲锤，往神像上砸去，以破坏大明龙脉之气。
之后才拔营南下，沿途还一路杀掠州府县卫所官兵无数，并南逃入庐州府（庐州卫）。
随后明五司总督：洪承畴，与明山东总镇巡抚：朱大典，等部明军汇合后，也一起前来拦截与剿贼。