布政使司保宁府犯广元县（利州卫）。
接着明陕西三边总督：洪承畴，就派遣了明汉中府副总兵：左光先，援救凤翔府陇州，以替明西安府副总兵：贺人龙，解围。
10月13日，明陕西总镇巡按兼都察院右副都御史：傅永淳，上奏道“商雒两县降盗陷城破邑，所在骚扰，皆由五司总督陈大人主端招降所至，以谓盗已革心？不许道途讯诘，故州府官吏不敢问，便开门揖盗，致使剿抚两妨，皆由陈大人之流毒也。”
正巧明山西总镇巡抚：吴甡，也上奏道“招安流盗最宜慎重，彼狼子野心势难驯服，况且边地穷荒，芜居无食仅曰免死，遂甘心易虑乎哉！”
这也让明毅宗：朱由检，对明五司总督：陈奇瑜，开始怀疑其能力？但仍命他待罪立功。
同时河南承宣布政使司农民军：扫地王（张一川）、太平王，以及湖广承宣布政使司黄州府等部流寇东进，打算往南直隶方向靠近。
流寇们大肆从归德府永城县、鹿邑县，黄州府蕲州黄梅县、罗田县，进入南直隶分掠安庆府太湖县、潜山县、宿松县，别部农民军还活动在开封府陈州（陈州卫）、河南府陕州灵宝县，一带地区。
另一面的湖广承宣布政使司流寇们，则从襄阳府宜城县官道，南下兴都留守司承天府进逼显陵卫（显陵县）而来，在明军们出动之际流寇们就自觉遁入京山县山中了。
此时大批流寇依旧占据陕西承宣布政使司地区，毕竟是家乡流连忘返也是常事，其中农民军：老回回（马守应）还屯兵在西安府乾州武功县。
由于陕西承宣布政使司被招降的流寇们，复起造反声势浩大，所以明五司总督：陈奇瑜，就把责任推卸给了明陕西总镇巡抚：练国事。
也使得练总镇巡抚被逮捕下狱！
朝廷就命明都察院左佥都御史：李乔，代替陕西总镇巡抚职位，率领明军出击三次打败流寇于西安府华州华阴县、潼关卫之间，斩首流寇一千二百人。
11月15日，明五司总督再次请抚各镇分地之内流寇，但是流寇们却利用此机会，打不过就投降，有实力又造反，搞得明军们焦头烂额！
恰好又遇到河南承宣布政使司与湖广承宣布政使司的流寇们，继续流窜入南直隶攻克了庐州府英山县、霍山县。
致使明毅宗大怒，直接下令削去陈奇瑜的五司总督职位。
12月初1日，朝廷圣旨到达，晋封剿贼有方的明陕西三边总督：洪承畴，为〈兵部尚书〉官衔，负责总督；河南都指挥使司、山西都指挥使司、陕西都指挥使司与陕西行都指挥使司、湖广行都指挥使司与湖广都指挥使司、大宁都指挥使司，五司军务其陕西三边总督官衔依旧如故。
之后陕西行都指挥使司西宁卫由于漠南蒙古察哈尔部南下过掠，南逃入朵甘都指挥使司答思麻万户府。
明五司总督兼陕西三边总督、领兵部尚书：洪承畴，因害怕有责任，便斩杀了明西宁卫指挥佥事：李挚，还率军出击朵甘都指挥使司。
却没想到西宁卫明军居然打算叛乱！
结果明五司总督兼兵部尚书：洪承畴，不得不立刻回师，还让陕西行都指挥使司驻军南下，以防止西宁卫叛军脱逃。
而叛军们则先发制人，分兵攻打陕西行都指挥使司凉州卫、永昌卫，还被甘肃总镇治下的甘州左卫、甘州右卫、甘州前卫、甘州后卫、甘州中卫，这5卫出兵平定叛乱。
于是明五司总督兼兵部尚书就从陕西行都指挥使司甘肃总镇回师东行，流寇们听闻杀人不眨眼的洪军门将至，纷纷率部东逃，分道尽入河南承宣布政使司。
而明援剿副总兵：左良玉，则移军到河南承宣布政使司河南府渑池县内。
此时明开封府左参将：陈永福、明四川总镇副总兵：邓玘，两人正合兵在怀庆府济源县斩杀了流寇贼首：紫金梁（王自用）之后明军会师南阳府，各方战绩颇有斩获。
至于山西承宣布政使司黄河一带的流寇们，也大多数由官道北逃到山西行都指挥使司大同府蔚州灵丘县、广灵县，并来回奔走于五台山。
倒是陕西承宣布政使司西安府、湖广行都指挥使司郧阳府各处告警，逼得刚入兴都留守司承天府的流寇们，不得不举兵东下常德府。
此时也让大同府封地内的明代安亲王：朱彝??、以及常德府的明荣灵亲王：朱慈照，分别加强了山西行都指挥使司代亲王府仪卫司、代亲王护卫指挥使司（大同前卫、大同后卫）有一卫留守都司府，以及荣亲王府护卫指挥使司、荣亲王仪卫司、荣亲王群牧所，等处藩王机构防御。