8月12日，明五司总督：陈奇瑜，发缴各镇兵马四万五千人，开赴河南承宣布政使司，而中原流寇们则入侵开封府禹州（禹州守御千户所）、许州长葛县，之间。
而流寇十三营阵地则在河南府永宁县（永宁守御百户所）、卢氏县（卢氏守御百户所）一带，大有向山东承宣布政使司东进以诱降官军东出，在谋袭开封府首府祥符县（宣武卫）为目地之举？
此举让在开封府封地且古稀之年，已经年近71岁的明周端亲王：朱肃溱，听到流寇大规模活动劫掠藩地田亩产量以及州县之时，暴跳如雷，因此卧病在床！
在陕西承宣布政使司的流寇们，则复陷凤翔府陇州，还屯兵在州城内。
很快明西安府副总兵：贺人龙，听闻消息后立刻就发兵支援凤翔府陇州，并包围了州城。
流寇们到处收揽势力有；暴民、凶徒、山贼、叛军，相继加入还挑选精壮之人为前锋，又收城内的妇女老弱纳为妻妾，紧急时刻用来饵引官军，故此明军在围剿之际经常以百姓冒充流寇，俗称（杀良冒功！）
之后明五司总督上报降贼流寇名单有；一万三千八百人、斩首将领十人，其余流寇均被遣还原籍。
剩下的流寇先是被明陕西三边总督追逐，逃窜到汉中府，在让四川承宣布政使司明军扼守巴蜀诸关，让流寇们无从掠夺食物，困守在陕西承宣布政使司兴安州（兴安守御千户所）车厢峡地区。
由于饥饿使得断粮之后的流寇，在闯王（高迎祥）的提议下决定诈降明军，但他们迫于明陕西三边总督：洪承畴，都是杀害投降流寇的，故此流寇们选择了投降明五司总督：陈奇瑜，以图后续发展。
因此有数万人流寇来降，史称「车厢峡之战」。
这让明五司总督很是高兴，他专门负责招抚受其降，还檄榜诸军按兵不动，在遣监护官保护降者，免遭屠戮。
因诸盗流寇未受大创，本无降意，只是由于饥饿，困于险地罢了！
待明五司总督的檄榜所过各州府县卫所，在把粮食传送到饥民们手中享用之后，便悄悄逃出官道脱离险境，数万流寇渐渐不受控制，仍造反从事杀掠。
继续造反的流寇们所过之地，尽杀监护官五十员，并攻陷了凤翔府麟游县、西安府乾州永寿县，且势不可挡也！
其中农民军：闯将（李自成）还在西安府乾州永寿县内劫掠得民妇：邢夫人，因邢夫人长得端庄大方且又是富贵人家子女，知书达礼深得闯将（李自成）喜爱。
再加上邢夫人是被俘虏过来的，因害怕被杀，故此只得暂时听从命令，也让闯将：李自成，从邢夫人身上找回了前夫人：韩金儿，那般初恋时的感觉。
8月24日，流寇们又出动攻陷了陕西承宣布政使司平凉府泾州灵台县、崇信县、华亭县，等地劫掠粮食。
明五司总督听闻消息后立刻赶至汉中府凤县，见到流寇们又再次复出，且遍布各地，北接庆阳府、西至巩昌府、西北至西安府邠州、西安府首府长安县（咸宁县）、西南则西安府盩厔县，凤翔府宝鸡县，拥兵二十万人数。
这顿时让明五司总督后悔当初没有在「车厢峡之战」中早些出兵剿灭这股流寇，现在分兵抵御已经太晚了！
明军兵力根本不如流寇多，只能依靠火器布阵出战，方有胜算。
9月初8日，中原流寇二十营一起出动劫掠，兵锋西至河南承宣布政使司河南府新安县、函谷新关一带，东至怀庆府孟县，连营屯兵百余里，部分陕西流寇连营设在西安府雒南县、河南府陕州阌乡县、凤翔府扶风县。
致使明秦景亲王：朱存机、明郑灵亲王：朱翊钟、明福恭亲王：朱常洵，三位藩王有些惶恐不安！
这时朝廷下令让明都察院陕西道监察御史：吴甡，代替「山西总镇巡抚」之职。
而河南承宣布政使司流寇又东逃湖广承宣布政使司黄州府蕲水县，大队人马尽入黄州府蕲州黄梅县、广济县。
迫使湖广承宣布政使司黄州府蕲州（蕲州卫）的藩王，明荆简亲王：朱慈烟，封地受到流寇们劫掠，因此明荆简亲王急忙下令荆亲王府仪卫司、荆亲王府群牧所、荆亲王府护卫指挥使司（蕲州卫）加强防御。
同时兵部还急檄榜文让河南都指挥使司明军入西安府同州、华州华阴县，负责剿贼。
湖广行都指挥使司明军则入西安府商州、雒南县，负责剿贼，四川都指挥使司明军入兴安州兴安守御千户所、平利县，负责剿贼，山西都指挥使司明军入西安府同州韩城县、山西承宣布政使司平阳府蒲州（蒲州守御千户所），一带负责剿贼。
流寇听闻消息后大乱，陕西承宣布政使司农民军的们立刻分兵三路；一路由汉中府凤县攻打汉中府首府南郑县以及汉中卫，另一路则出汉中府宁羌州（宁羌卫）走略阳县由阳平关巡检司，入四川承宣布政使司保宁府剑州梓橦县。
最后一路由汉中府宁羌州（宁羌卫）入四川承宣