，在陕西承宣布政使司围剿流寇，走不开身，故此暂由他代替五司总督官衔），以五个都指挥使司兵力汇集于四川承宣布政使司境内围剿。
其中由湖广行都指挥使司明军为主力压缩过去，把流寇赶回去陕西承宣布政使司汉中府地区，也让明瑞安亲王：朱常浩，成天活在担惊受怕的环境中。
更使得明瑞安亲王开始不近女色，经常前去寺庙内烧香拜佛祈求平安。
而身处在西安府商州、雒南县（避大明光宗泰昌贞皇帝：朱常洛，名讳），的流寇们则谋划入四川承宣布政使司，故此流寇们活动在西安府终南山之上。
5月11日，农民军进入大旱的巩昌府阶州文县（文县守御千户所），而这巩昌府自从去年入秋以来早霜，且冬季无雪、春雨不下！斗米升至七钱。
而延绥总镇西路榆林卫一带也数年不下雨，致使难民造反，农民军得以补充人数。
紧接着流寇们分兵两路；一路进入延安府劫掠鄜州、一路则进入庆阳府劫掠宁州。
等明军到来之时，流寇们早已满载而归回到西安府终南山上，又继续窜入西安府商州、雒南县，一时间群盗毕集深入终南山。
之后流寇们又复出攻打汉中府凤县、沔县（沔县守御千户所）、凤翔府麟游县、西安府乾州永寿县、耀州同官县，等地之间搅的天翻地覆。
待明军们在大举围剿凤翔府之时，流寇们就向西逃入凤翔府汧阳县、陇州，一带地区躲藏。
随后明陕西三边总督就从汉中府调兵，北上进入陕西行都指挥使司甘肃总镇，先打退漠南蒙古察哈尔部，在图剿灭流寇之事。
此时明陕西总镇巡抚：练国事，则奏称“今日最难有五大事？其一；缺兵，自盗贼们起兵造反延绥总镇、榆林卫以来，我军兵力严重不足！又被转调至甘肃总镇，而宁夏七卫、甘肃总镇又丧师，今防插汉儿部（察哈尔部）尚且不足！又怎能分以兵力剿贼也？榆林卫兵止五千，被五司总督陈大人率以剿贼，而防秋又当西还，则兵愈少，其二；缺饷，西安府、凤翔府兵荒，故此所留新饷即使支尽，也不能抵御三镇之用，都司府无兵可借，饷银怎能出？其三；缺官，荒盗频繁有参罚戴罪，有追赃客死，有失城就逮，道府且不乐就，何况有司？今官员欠缺三十多员，何以治民办贼？故缺官宜急补，而参罚亦减少也，其四；宗禄，奏俗嚣悍、贫宗尤甚、垂涎赈金、渐不可长，其五；驿地，秦、晋驿递，例不全给，今募夫之苦，更加千倍，故人人思遁，凡在冲路，宜全给以安其心。”
同时明陕西三边总督进军凤翔府岐山县，而驻扎在西安府三原县的流寇竟然有十二万人，但明陕西三边总督统帅的兵力才仅有三千人！
故此只能依靠设伏，逼流寇从西安府耀州东奔同州。
眼下汉中府兵力有三千四百人，由明汉中府副总兵：左光先，统率、临洮卫和巩昌卫有兵力三千五百人，由明巩洮府总兵：孙显祖，统率、平凉卫兵力一千人，由明平凉府副总兵：艾万年，统率，但只可守城，出击尚且难以自保！
至于明西安府总兵：张全昌，所部六千人，则只专注于流寇行进动向为援剿之师。
6月13日，明五司总督：陈奇瑜、明郧阳府巡抚：卢象升，联合进剿湖广行都指挥使司郧阳府竹山县（竹山守御千户所）、竹溪县，的各路山贼与流寇，明军连战大捷斩杀一千七百人、俘虏七百人，淹死五千人、堕崖死伤者二千人。
7月初7日，陕西承宣布政使司投降的农民军，再次造反又攻陷了凤翔府陇州。
见此情况明陕西三边总督：洪承畴，连忙上奏道“入陕猖獗之贼，大抵可有十四五万，明知官军一二万不能四驰，才持其势众旁伏递进，使其剿贼之难，且贼多精骑，每跨双马，而我官军才马三步七追逐之难！贼攻堡掠野到处可资，官军待饷转连，则粮刍之难，贼入山负嵎，官兵相持一日，即坐误一日，则时日之难，且请盐课提举司发放银三十万，交与靖虏卫曹指挥使，让我军鼓其敌忾。”
这时流寇们到凤翔府宝鸡县，以借口称奉督抚之令招安想混入城内，守城明军们知其诈，不敢开门。
只敢放下吊桥，在用篮子拉他们上来城楼，先登城的36人尽杀之，其余流寇们见状，则尽数撤离。
事后明五司总督因借为辞，上奏弹劾地方官绅阻挠剿抚以激上怒，在命南镇抚司锦衣卫提骑（校尉）逮捕明宝鸡县知县：李嘉彦，以及明凤翔府乡绅员外郎：孙鹏，等五十人下刑部大狱。