海军部的会议开完后，林海又召集陆军部、尖兵局以及曹知县和同安乡兵的将领开会，对登陆行动进行部署，暂未重回陆军部的何瑛也列席会议。
由于筼筜港的易手，再按原计划在刘五店澳对面登陆已经没多大意义了，众人商议后决定直接就在筼筜港的西南侧登陆。这里离厦门城更近，不用行军几十里后再扎营。
翌日清晨，会友公司兵分两路，海军部多数舰船又重新驶出了筼筜港。由于出港的时候是顺风，定远号和博望号可以挂帆航行，比进港时要容易得多。
与此同时，尖兵局作为先锋部队率先登陆，在选定的登陆点周围拉开警戒线，随后陆军部、同安乡兵依次上岸。
林海是随陆军部一起登陆的，待陆军部列好队后，他又派了一队尖兵局骑兵去探查厦门城的情况。