由熊廷弼想到了杨涟，朱由检询问道：
“杨涟、左光斗等人的案子怎么样了？”
“魏逆逮捕他们，是说他们收受杨镐、熊廷弼的贿赂，这件事查清了吗？”
刘侨回道：
“熊廷弼和杨涟虽然都是湖广人，两人关系却很差。”
“熊廷弼在辽阳的时候，杨涟就上疏参劾他。”
“魏逆说杨涟收受杨镐、熊廷弼的贿赂，纯属子虚乌有。”
熊廷弼被杀有阉党的责任、也有东林党的一份，这点朱由检是知道的。
当初三法司会审，主审的时任刑部尚书王纪、左都御史邹元标、大理寺卿周应秋。除了周应秋这个阉党外，王纪、邹元标都是东林党。正是这三个人，把熊廷弼、王化贞都判处死刑。
因此听到刘侨这些话，朱由检面色没有一点改变。思索之后，下令道：
“两人案情有关，那就并案处理，以后一同平反。”
“他们都是阉党谋害的，都要予以翻案。”
这个决定，让刘侨等人心中惊讶，猜测皇帝的用意。
熊廷弼虽然被阉党列入东林党，其实却是属于楚党，是杨涟参劾的对象。两人案子合并，而且一同平反，不知道内情的，还以为两人是一党。实际上杨涟最被东林党夸赞的两件事，一是移宫、二是弹劾熊廷弼。
皇帝以案情相关为由，把两人的案子合并。东林党人知道了，还不像吃了个苍蝇：
咽吧不想咽下去，吐又吐不出来。
皇帝是在警告东林党，还是想说什么？
朱由检其实就在警告东林党，让他们不要闹事。
杀害杨涟、熊廷弼的事情，天启皇帝的责任很大。但是朱由检不能指责把皇位传给自己的兄长，所以只能让阉党背锅。
不过什么事都让阉党背锅，可能有人不服。为了避免有人指责自己皇兄，朱由检就把熊廷弼和杨涟等人的案子合并，提醒世人熊廷弼之死也有东林党的一份——
熊廷弼后人想要抱怨，那就把东林党和阉党一起怨上。
东林党如果不满意，不想给熊廷弼平反，那么杨涟等人也别想翻案。因为杨涟等人被阉党栽赃的罪名，就是收受杨镐、熊廷弼的贿赂，牵连进了这桩死刑案。要想翻案的话，就得从根源上为熊廷弼平反。
这些想法，在朱由检脑海中闪过。同时也让他认识到，党争这种事情，是不讲道德人品的。杨涟坚贞不屈，很多人都佩服他，但是再好的品德，也改变不了他曾经党同伐异。
对这个人的遭遇很怜悯，朱由检想到自己登极时的遭遇，有心褒扬从龙功劳，又下令道：
“杨涟在辅佐先帝登极上有功劳，荫一子东宁卫百户，再荫一子入太学读书。”
“方从哲、孙如游、刘一燝、周嘉谟、左光斗同样按此荫叙。”
“王安已经荫他弟弟王元善东宁卫正千户，张维贤在辅佐先帝和朕登极上都有功劳，荫一子东宁卫指挥佥事。”
“其余被阉党用移宫案陷害的，全部予以重审。”
移宫案是必须翻案的，否则没有人愿意投靠皇帝当从龙功臣。
梃击案、红丸案就算了，朱由检打算只追究当事人，不想像东林党那样扩大化。
天启皇帝说的“借梃击以邀首功、借红丸以快私怨、借移宫以贪定策之勋”，未必没有道理。只是朱由检出于政治考虑，必须给移宫案翻案而已。
对这些案件的处理方针给出具体指示，朱由检让刘侨加快对诏狱中羁押人员的审理，尽量把犯人转给刑部刑罚司，交给大理寺审判。
然后他转向戚昌国和李顺祖，询问道：
“南司房组建得怎么样了？”
“各厅运转得如何，有没有什么问题？”
两人纷纷表示，没有多大问题。人事、后勤、装备、训练分工非常明确，而且是后世行之有效的制度。戚昌国和李顺祖虽然对这种划分不熟悉，却觉得比以前有条理多了，正在磨合之中。
不过朱由检对人事厅的名字，却是微微皱眉。因为他想到政务署人事科被改为了吏政科、宫中内官司设立了职官处。
出于统一名称的考虑，朱由检思考之后，下令道：
“以后人事厅改为职官厅，负责锦衣卫官吏任命。”
“训练厅下设立教育处，负责锦衣卫教育事业。”
“另外设立专门的学堂，培训专业人员。”
召锦衣卫进宫的目的就是这个，朱由检道：
“锦衣卫学堂的名字，定为安全学堂，主要负责培养安全保卫人才。”
“内设保卫专业、战斗专业、缉捕专业，为侍卫司侍卫总队、警卫司警卫总队、东司房侦缉总队培养相关人才。”
“后勤相关的专业比较多，合在设立一个学院，称为后勤学院。下设工程专