其中会川守御千户所隶属于建昌卫，曲靖守御千户所直隶于云南都指挥使司，同时又设置有东川卫、乌撒卫、乌蒙卫、芒部卫、普安卫，这5卫最初亦隶属于云南都指挥使司。
2月11日，改曲靖守御千户所为曲靖军民指挥使司，安置于楚雄卫。
3月初2日，置（大理卫）又改曲靖军民指挥使司为卫。
10月初8日，建昌卫和会川守御千户所改隶四川都指挥使司，另外还设有；霑益守御千户所、盘江守御千户所，直隶于四川行都指挥使司，其中霑益守御千户所改为霑益卫。
在云南承宣布政使司下除了正式府州外，还设有南甸宣慰使司、干崖宣慰使司、麓川平缅宣慰使司，以及木邦军民宣慰使司、孟养军民宣慰使司、缅甸军民宣慰使司、八百大甸宣慰使司、车里宣慰使司、老挝宣尉使司。
随后朝廷改原来设立的〈拱卫司〉，也就后改称「亲军都尉府」统辖的（仪鸾司）掌管皇帝陛下的仪仗和侍卫，但明太祖为了加强维护皇权，便裁撤了亲军都尉府与仪鸾司，改置〈锦衣卫〉隶属于「镇抚司」。
这点作为皇帝侍卫宫廷的军事机构，镇抚使司锦衣卫主要职能，为〈掌直驾侍卫、巡查缉捕〉从事侦察、逮捕、审问，等活动，也有参与收集军情、策反敌将的工作。
镇抚使司锦衣卫外部任务比较多，经常出差全国，故此镇抚使司锦衣卫外出特务，皆为〈钦差〉，明代最有名的镇抚使司锦衣卫，即为（镇抚司十三太保）。
镇抚司下设有五个卫所，其统领官称为；指挥同知、指挥佥事、镇抚使、千户、百户、试百户、总旗、小旗，普通军士称为校尉、力士。
而校尉和力士在执行缉盗拿奸任务时，又被称为「缇骑」，其首领称为（镇抚使司锦衣卫指挥使）由皇帝的亲信武将担任，直接听从天子陛下的调令，可以逮捕任何人，包括皇亲国戚，并进行不公开的审讯和处死。
明洪武十六年公元1383年，琉球南山国王：承察度，遣使向大明帝国朝贡，得到了明太祖的认可。
直到明洪武十八年公元1385年，明太祖使者到达琉球南山国，亲自赐封承察度为〈大明南山郡王〉获镀金银印一枚，从此成为了大明帝国附属国。
明洪武二十年公元1387年，北元开元郡王兼太尉：扎刺儿·纳哈出，屯重兵在辽阳等处行中书省开元路，坐镇辽东路地区，不断侵扰周边地段。
导致辽东路女真各族受到袭击，使得明太祖立即命明宋国公：冯胜，为征虏大将军、明颍川侯：傅友德，为左副将军、明大将军兼永昌侯：蓝玉，为右副将军，共率师20万北征，在〈金山之役〉中取得了成功。
降服了北元开元郡王兼太尉并押回应天府内，被明太祖赐封为［海西侯］，而北元衰微后，出现了很多个割据区，这纳哈出只是其中一支。
不过他的出降也代表了，大明又降服了一支最有实力的北元割据政权，解除了前期北元对于对大明帝国的威胁，但出于严谨，此事不能代表着北元诸部都已降明。
接下来明太祖又让明大将军兼永昌侯：蓝玉，为主将去征讨下一个主要目标，乃是北元益宗乌萨哈尔可汗天元宁皇帝：孛儿只斤·脱古思帖木儿，打算扫灭漠北在此一举。
因此明太祖要求明大将军勿失时机，必须一举成功。
果然到了明洪武二十一年公元1388年4月12日，明凉国公：蓝玉，率领15万明军以及所认义子北伐，从北平行都指挥使司大宁卫一直走到全宁卫庆州，都找不到北元牙帐，瞬间就有了想班师回朝的打算。
但在关键时刻明定远侯：王弼，站了出来，主张坚持下去。
随后据夜不收探马来报，得知北元益宗的牙帐设在岭北等处行中书省济南王部捕鱼儿海，所以便抄近路兼程而进。
明凉国公命明定远侯：王弼，为前锋迅速出击，直奔北元牙帐中军大营与10万北元军队交战，并直接包围了牙帐。
待明凉国公本部明军到达之后，就一举俘虏了北元益宗次子：孛儿只斤·地保奴、北元吴亲王：孛儿只斤·朵儿只、北元代亲王：孛儿只斤·达里麻，以及嫔妃、公主、郡主，等一百二十三人、官员三千人、北元降军七万七千多、马驼牛羊十五万头以及大量印章、图书、兵器、车辆。