在逐一调查各机构部门情况之时，发现大多数人（主要是与京师外面接触过的人员，多为正四品左右的官员？）
而太医院方面，当天接到的病人数量多达三千人，全部都是统一的病症！均为风寒之症？这让太医院的医官们感觉很是奇怪，仅有资历高深的明太医院院使：关之庆，在带着面巾号了几次脉搏之后，就得出了一个结论？
凭他多年的行医经验分析出这些病者，应该得的是一种来自于鼠疫的病情？在综合得病多数的病者来看，这疫情应该是由京城外界传播进来宫中的？
于是明太医院院使在号完脉之后，就转身让太医院内戴着面巾的下人带领病者去外面晒太阳，自己则对身边的医官大夫们说道“此症状乃是百年不遇的鼠疫！自万历八年至今，宫中还从未见过此病症，老夫不才，曾在医书中见过鼠疫的症状，与他们情况并无太大区别！”
（其实早在崇祯十年辽东都指挥使司地区的小冰期，与中原地区的河床干枯，以及蝗虫灾荒爆发以来，就先后在山西承宣布政使司、山东承宣布政使司、陕西承宣布政使司、北直隶、南直隶、河南承宣布政使司、浙江承宣布政使司等地，都先后爆发了鼠疫、天花、疟疾，这三种病症了！）
只是京城地区平常没什么官员接触地方百姓，毕竟京城官员居住区与百姓居住区是分开隔离的，所以基本上都接触不到！除了市集口之外。
但一般的普通百姓都不可能去，因为去的百姓多数都是有钱人，也都是去买东西的。
平常穷苦人家百姓，根本没有那个资本，而疫情又是经过村庄地区的百姓传播出去的，所以也就很少有人能够了解到疫情是怎么回事了！
这下被明太医院院使给诊断出来，可吓坏了在场的所有医官大夫们，为了不把消息泄露出去，造成全城混乱，故此明太医院院使就下令把此事封锁起来。
只是对外宣称病人们得了（疟疾），又为了不让病情扩大化，还让全城军民们都佩戴起了面巾，并在宫中各处要道采取了隔离措施，以减少伤亡。
因此宫中四处都能见到戴着面巾之人，在用驱除瘟疫的老办法来熏角落，使得宫女太监们被惊吓得，都不敢随意走动了，有些宫女则小声议论道“听说了吗？刚才延祺宫内，才抬出来两具尸体，好像是小春子与月兰的？你们说，这宫中会不会是中了什么妖魔鬼怪的邪气啊？”
这话正巧被路过的明周皇后：周玉凤，给听到，她连忙反驳道“都在此议论什么呢？还不给本宫干活去，哪有什么鬼神之说！”
待宫女们被赶走之后，明周皇后又打算往东六宫地区走去，却被随驾的太监给拦住，并劝说道“哎哟皇后娘娘，现在那边正做驱除邪气之事，可万万不能去啊！”
然而不明其意的明周皇后却连忙挥手，让太监去外朝看看情况，因此太监只得领命退下去。
这边明北镇抚司锦衣卫左都督正率领着北镇抚司锦衣卫队们出了内城，在外城附近巡逻着，巡街的北镇抚司锦衣卫队们看到两旁的房屋，几乎家家都紧闭家门。
有些房屋内还能隐约听到有人在哭泣？有些房屋则灯火通明，里面却不听见有任何声音？
更有些房屋门前，还张贴着符咒，且放着棺材，偶尔还能见到有老鼠在街道上行走，突然一个北镇抚司锦衣卫不小心踩到了一只小老鼠，他快速松开脚，就见到周围还有其余的老鼠，像排队一样挨个东奔西跑的找东西？
也让曾经繁华的帝都京畿街道上，一时间内竟变得无人行走，白天静如黑昼一般，百姓们哀嚎之声，听着也十分的慎人！
而北镇抚司锦衣卫队们，在走了半柱香的时间后，就打算回去复命了，但在回去之时，就有两个北镇抚司锦衣卫出现了，头晕呕吐、浑身发冷，等现象。
看得旁边的北镇抚司锦衣卫队们见状，吓得都纷纷躲开来，均不敢上前搀扶，就这样眼睁睁地看着他们在地上躺着翻滚。
而回去复命时明北镇抚司锦衣卫左都督也发现了人数不太对劲？明显少了十个人？（其实有些北镇抚司锦衣卫是跑去了无人的富商府中，悄悄偷拿东西去了！自然也就死在府中了！还有些则是病倒在路上。）
因此深感危急的他，第一时间连忙跑进宫去找皇帝陛下。
他们在入大明门之时，就受到守城明军与明太医院惠民药局副使：王秋晋，的阻拦，只见他们开口道“从此刻起，但凡入宫之人，都必须经过检查，还得佩戴面巾，否则不能进入内城！”