援军无法抵达大员，遂派遣尼德兰王国荷属东印度少校：哈鲁斯，带了396名尼德兰士兵再次进攻，这就是第二次圣萨尔瓦多城战役。
此时尼德兰军队已经有了重武器，所以能攻城如虎添翼，导致西班牙哈布斯堡王朝驻军总共阵亡6位士兵，损毁2台加农炮，彻底放弃抵抗，双方开始协商。
正月20日，明蓟辽总督：洪承畴，听说朝廷有援军即将赶到，又派6千人马出城夜袭，却被清军击败退回城内。
正月26日，经过商议之后西班牙哈布斯堡王朝驻军开城投降，从此西班牙哈布斯堡王朝控制台湾府北部的历史结束，还被尼德兰军队送到巴达维亚囚禁。
2月18日，满清太宗见围困已久，便再次下令满蒙联军炮轰松山堡（广宁中屯守御千户所），城内的明军依旧顽强抵抗，明毅宗还派遣明顺天府巡抚：杨绳武，督师军队北上前去救援明蓟辽总督：洪承畴，但明顺天府巡抚却走到顺天府玉田县（兴州左屯卫）就病死了。
无奈之下明毅宗只得又派明兵部右侍郎：范志完，领兵北上救援，又以明山海卫左参将：焦埏，出山海卫协助。
此时松山堡（广宁中屯守御千户所）城内早就弹尽粮绝了，军民们争相抢食树木草皮乃至敌军尸体，明广宁中屯守御千户：夏成德，不想就这样白白饿死，便私下里送饥饿的儿子出城，前去满蒙联军大营内当做人质。
还带去书信与满蒙联军相约攻城日期，自己则作为内应。
3月初7日，满蒙联军再次来袭守城明军饿的站不起路，又在明广宁中屯守御千户的开城带领下，致使城破！
城中的明辽东总镇巡抚：邱民仰，身负重伤，明东协总兵：曹变蛟，则卧病在床以及明蓟辽总督：洪承畴、明辽东总镇总兵：王廷臣、明援剿副总兵：祖大乐、明宁前兵备道：张斗、明永平府监军道：姚恭、明抚宁卫游击将军：王三桢、明宁远卫右参将：江翥、明松山堡总兵：饶勋、明松山堡游击将军：朱文德，以及左右参将、游击将军、千总、把总、都司以下共计一百多位文武官员，以及明军8千余人都被俘虏。
除了满清太宗欣赏的洪总督、明援剿副总兵：祖大乐，以及投降等将领外，其余明军将士们，都被满蒙联军惨无人道地杀害了！
3月初8日，满清太宗为了再次招降明广宁中屯卫总兵：祖大寿，便送明援剿副总兵：祖大乐，到广宁中屯卫城下去劝降。
而洪总督则被押往大清国都盛京城，由于满蒙联军还在围困广宁中屯卫，而城内孤立无援早已没粮，只能率部开城归降！
这让满清太宗大喜过望，连忙命人把两位祖总兵请到自己帐内，毕竟祖氏家族在辽东都司府名望很高，有了他们何愁劝降其余明将？
当祖大寿与祖大乐跪倒时，满清太宗亲自将他俩掺扶起来，好言抚慰道“女真语：上次你俩背叛朕，是为了你们的主子，为了你的妻子儿女和宗族，朕曾经对大臣们说过，祖大寿一定不能死，如果以后再次投降，朕也决不会杀他，现在事情过去了，今后只要尽心地侍奉朕就可以了。”
此时满清太宗费尽心思才拿下来松山堡（广宁中屯守御千户所）和广宁中屯卫（满清叫锦州）、广宁左屯卫，眼看攻城开支太大，便又提出要与大明议和，一来可以补充互市物资，二来还不用劫掠大明，也有钱财岂不美哉？
为此还让李氏朝鲜王国作为中间人，去大明宁远卫私下提议和之事，但李氏朝鲜将领们却认为满清议和之心不诚，便上奏李氏朝鲜领议政：崔鸣吉，让其负责推脱。
4月初3日，从辽东都指挥使司前线逃回京的明兵部职方武选清吏司主事兼宁远卫监军道：张若麒、明兵部职方清吏司郎中兼松山堡监军道：张绍愉，两人汇报了松山堡（广宁中屯守御千户所）兵败，以及满清方面提出的议和之事。
当即得到了明兵部尚书：陈新甲，的同意并私下奏报明毅宗。
而明毅宗眼看打不过，且国内还需要镇压流寇，因此明毅宗也决定先让人去跟满清交涉，可明兵部职方武选清吏司主事却不同意，便被明兵部尚书弹劾入狱，改让明兵部职方清吏司郎中北上议和。
4月22日，满蒙联军趁胜追击用红衣大炮炸毁杏山驿城池，逼迫明杏山驿游击将军：吕品奇，率部出城投降。