于泉州府安平城专门收纳客商税赋，抽一半上交朝廷，留一半自己享用。
当时凡航行在东亚地区的船只，都必须花钱购买明郑的令旗，若无此旗，在东亚海面上被拦截，甚至遭到海盗打击的概率超过百分之五十，若在大明福建承宣布政使司沿海，则百分之百被拦截。
最后就连台湾府的尼德兰人都不得不，偷偷地以德川幕府船只的名义购买令旗，当时大明东南沿海在明郑和平的笼罩下，正在向平稳发展，由此尼德兰人再也不敢对大明用武，而是改为互助经商政策。
明崇祯十三年公元1640年3月初7日，明毅宗信王崇祯帝：朱由检，下诏罢免各镇内臣，告谕道“各镇内员，察饬已久，兵马、钱粮、器械等项稍有改观，但战守防援，事权未能尽一。”
随即就将监军、分守等宦官俱撤回京另用，凡边务一切钱粮、兵马、边防、剿御，等事，都由；总督、知府、总镇巡抚、总镇总兵、兵备道，等官员一意肩承。
3月27日，满清太宗吸取过去强攻宁远卫、广宁左屯卫、广宁中屯卫（锦州）受挫的教训，便制定了长围久困、迫其出降的作战计划。
因此满清太宗又命满清和硕郑亲王：爱新觉罗·济尔哈朗、满清豫郡王：爱新觉罗·多铎，率军在义州卫城外驻扎屯田，并禁止大明帝国辽东都指挥使司广宁中屯卫（满清叫锦州）地方不得耕种。
并且还包围了广宁中屯卫与广宁左屯卫，切断明军后方资源，使得明蓟辽总督：洪承畴，第一时间立刻发兵救援，但双方兵力出动之后均按兵不动，还互相对持。
4月15日，明毅宗告谕吏部群臣们，说道“历年来资格畛域，抑坏人才，考选屡奉旨举贡兼收，究竟不遵，非祖宗破格用人至意，就教贡士并试过岁贡生共二百六十三人，俱着于六部司属、都察院、通政司、太常寺各司属及推知正官通行察缺，依次填补，此系特用，后不为例。”
6月29日，明毅宗还诏辑《武经七书大全》，命明东阁大学士兼内阁首辅：范复粹，为总裁，明礼部右侍郎：黄锦、明詹事府少詹事：李绍贤，为副总裁，明詹事府右春坊右赞善：胡世安、明翰林院史官修撰：刘理顺、明翰林院编修：方拱乾，等官员为纂修官，开馆编辑。
12月18日，明毅宗又下诏增加天下关税，以崇祯初年为例，关税每两增一钱，北直隶顺天府崇文门、武清县（武清卫）、山东承宣布政使司东昌府临清州（临清卫）、江西承宣布政使司九江府（九江卫）、南直隶苏州府首府吴县（苏州卫）浒墅关、扬州府（扬州卫）、崇明县（崇明守御千户所）北新关，淮安府（淮安卫），共增五万两。
不久又增二钱，但明户部尚书兼东阁大学士：陈演，就建议增加南直隶皇城南京宣课司税赋额一万，改为三万两，但明南直隶户部尚书：郑三俊，则以宣课司所收落地税无几，请税芜湖税以抵增数。
因此明户部尚书就上疏称“芜湖三万两税赋，而南直隶宣课司仍增一万两，后乃以度支日绌，增加关税二十万两。”
此举也导致了南直隶地区商人与百姓日益穷困。
12月24日，山西承宣布政使司平阳府蒲州（蒲州守御千户所）境内大旱，草木皆被百姓们吃光，官府只能在城门外掘坑以埋饿死者，但饥饿无食的人却争先前去到坑内割食其肉，甚至有父子夫妇相食者。
12月25日，山东承宣布政使司兖州府沂州（沂州卫）蝗虫遍野，所过之处百树无叶，赤地千里，迫使斗麦上涨二千两，百姓们只得挖草根剥树皮充饥。
大有父子相食，以至于骸骨纵横，婴儿捐弃满道，人多自竖草标求售，辗转沟壑者无算！
明崇祯十四年公元1641年正月10日，满清太宗：爱新觉罗·皇太极，陆续向义州卫方向运送粮草，并铸造了六十门红夷大炮，还招募千余名擅长登云梯的士兵，又买了一万匹漠南蒙古哈喇慎马匹。
这期间明、清双方还在大明广宁中屯卫（满清叫锦州）广宁左屯卫一带多次交战，但总体的作战规模并不大。
此时负责前线抵御满蒙联军的依然是明广宁中屯卫总兵：祖大寿，而满清太宗为了彻底拿下城池就命令各位满清亲王、郡王们轮番带兵进攻，为此还抽调了许多索伦女真兵前来参战，还让李氏朝鲜王国也派兵前来参加。