最终经过后金天聪汗：爱新觉罗·皇太极，的深思熟虑之后，才决定正式下令进攻金州卫。
6月19日，后金天聪汗派遣后金兵部承政兼镶红旗贝勒：爱新觉罗·岳讬、后金户部承政兼正蓝旗和硕贝勒：爱新觉罗·德格类，率领右翼部将后金先锋总兵：舒穆禄·楞额礼、后金镶红旗固山额真：完颜·叶臣。
左翼部将则由；后金镶白旗固山额真：钮钴禄·伊尔登、后金三等子爵：昂阿喇，每旗副将一员、每旗甲喇额真一员、每牛录代子一员，以及旧汉军额真兼三等总兵：瓜尔佳·石廷柱、后金都元帅：孔有德、后金水师总兵：耿仲明，共计马步兵骑兵万余人，浩浩荡荡开往取大明金州卫地区。
7月初1日，后金前锋军队已经抵达金州卫河北岸，还率军占领马头山、黄金山，等制高点，并开始架设火炮，轰炸金州卫的外围城墙，炮兵火力攻击持续了三日。
到了7月初4日晚上，后金军开始攻城，他们将几门红夷大炮直接推到城外，直接瞄准城墙开火轰炸，还推出云梯、鹅车等各种攻城器械，企图一举攻克金州卫。
此时明东江总镇总兵：黄龙，由于抽调了部分兵力去协助李氏朝鲜王国海防，以防东虏建奴进攻，因此所在的金州卫境内明军兵力不多，他只能亲自登上城墙，指挥守军们作战。
明军用城头的火炮轰炸远处的敌人，还用火罐矢石攻击城下的敌兵，并用长矛大刀刺砍爬上云梯的敌军，战况十分激烈！
经过两天两夜激烈的战斗，后金阵亡超过4千余人，但依旧猛攻黄总镇总兵组织的明军三次出城反击，虽然明军暂时将后金军击退，但后金军很快就再次卷土重来，围城攻打不辍。
7月初7日，新任尼德兰王国（荷兰）荷属东印度公司驻台湾府总督：汉斯·普特曼斯，率领以密德堡号为旗舰的13艘荷兰战舰，以突然袭击的方式对大明帝国广东承宣布政使司潮州府（潮州卫）、福建承宣布政使司漳州府（漳州卫）交界的南澳岛，发起了进攻。
很快南澳岛守军们就立即给予还击，在激战中明南澳岛把总：范汝耀，身受重伤，17名明军将士阵亡，而尼德兰军队也有部分伤亡，才不得不解围北上。
7月11日，尼德兰军船队wierr号，在东南沿海掠劫途中与26艘明军战船相遇，双方展开水战开火，尼德兰水师败下只能丢失物资撤退。
7月12日，尼德兰军船队开到了福建都指挥使司中左守御千户所（厦门）海域上，当时中左守御千户所港口内，正停泊着几十艘明军待修船只。
此时南澳岛战斗的消息尚未传来，因此明中左守御千户：张永产，正在泉州府操办器械，明延平卫游击将军：郑芝龙，也正率领主力部队在福宁州（福宁卫）剿匪。
因此尼德兰军船队tessel号、weesp号、uckebacker号、caijck号、kephaen号，相继对中左守御千户所港口内的明军战舰发动突袭。
瞬间击沉了25~30艘大型战船，以及15~20艘小型战船，并暗自窃喜离去。
戌时，中左守御千户所商人跑到尼德兰军船队上询问攻击理由？但尼德兰人并没有做任何解释，反而驱赶大明商人，还继续派遣kephaen号、zeeburch号、sal号，以及一艘大明海盗帆船又来到中左守御千户所北部进行掠劫。
这次尼德兰人除了到处抢夺食物外，还迫使中左守御千户所、金门守御千户所、烈屿、鼓浪屿，以及附近村落每周必须提供25只猪、100只鸡、25头牛，否则就再度烧杀抢掠。
但是大明地方衙门依旧处于毫无戒备的状态！
结果尼德兰人肆无忌惮，一举烧毁和击沉了大明方面的15艘战船（郑军10艘，明廷5艘），并登岸大掠。
待偷袭得手后，尼德兰人还封锁了中左守御千户所海湾，并威胁地方卫所开放贸易。
7月14日，明延平卫游击将军就派遣使者对尼德兰船队送交信件，要求释放7月12日扣留的大明商人，并解释为何尼德兰军船队，要前来我大明中左守御千户所攻击的原因？
而尼德兰人则单方面释放了大明商人，还解释说是贸易矛盾。
另一边在大明金州卫方面经过几天的激战，明军的火药和弓箭消耗殆尽，金州卫城门被后金都元帅与后金水师总兵攻克，黄总镇总兵只得退到金州中左守御千户所继续抵抗。
意识到了形势危急，明东江总镇总兵立即找来明金州卫千户：谭应华，说道“敌众我寡，今夕城必破，若速持吾印送登州府，不能赴，即投诸海可也。”
随后明军继续抵抗，先后杀死后金一等信勇公：瓜尔佳·费英东，之子后金正黄旗牛录额真：瓜尔佳·纳海、后金正红旗甲喇额真：扈什哈理·岳乐顺、后金巴牙喇壮达：额德、后金复州卫千总：程国辅、后金镶红旗牛录额真：西克特立·塔纳喀。
但由于后金方面久攻