10月24日，在登州卫衙门内，由于此次派遣北上援辽的登莱两府明军地位，都远远高于东江镇与皮岛部明军，再加上负责率军出征的明东江镇坐营左参将：沈世魁，不甘心臣服于辽东镇军阀明东江总镇总兵：黄龙，麾下。
因此故意克扣军饷，还把罪名推给黄总镇总兵头上，又加上援辽军队也就东江镇与皮岛本部装备待遇最差。
这很快就引起了东江镇与皮岛部明军将领们的不满，恰巧这时明东江镇水营左参将：李梅，又在军里搞起了走私活动，以补充军饷物资。
当即就被明东江总镇总兵将其打入大牢内，但是这个李参将却是明登州卫中军左参将：耿仲明，的亲信两人关系非常好，而明登州卫中军左参将弟弟明皮岛步兵都司：耿仲裕，又恰好在东江镇军队里任职。
他得知消息后为了救哥哥好友李参将，便写信给哥哥耿参将，而他就指使弟弟耿都司，以索要军饷为名，趁机起兵包围了黄总镇总兵的东江镇衙门，并将他绑了起来，押到演武场上批斗。
还让他跪下，准备下令割掉他的耳朵和鼻子，甚至拔刀怒骂，看起来要杀了他一样，左右身边的将领们发现情况不对劲，连忙上前阻拦，并说道“耿都司大人，咱们只是要问黄总镇总兵索要军饷，眼下以绑住，弟兄们也开仓取得粮饷了，没必要在赶尽杀绝，更何况这黄总镇总兵还是朝廷任命的武将，又是辽东都指挥使司孙督师的部将，若贸然斩杀了，恐怕朝廷方面也不好交代。”
于是明东江总镇总兵就这样捡回一条性命，并被士兵松绑搀扶着走下去，而李参将也被人从牢里放出来，换成了黄总镇总兵下狱。
因此明东江镇坐营左参将：沈世魁，便站出来出谋划策，也让带头闹事的明皮岛步兵都司：耿仲裕、明金州守御千户所前锋千总：王应元，等人觉得是时候推举出一个带头者了。
就在叛军们座谈之际，在东江镇中颇有影响力的人物，现分屯于海上的明东江镇水营都司：尚可喜，在收到消息后第一时间就率军赶回皮岛，并煽动亲信以及好友们准备反戈一击。
这让意识到情况不妙的沈参将，连忙调转兵峰也加入到了平叛当中，众将们先救出黄总镇总兵，在捆绑了叛将：耿仲裕、王应元，等带头者将其斩首示众。
其中黄总镇总兵为了表达感谢，还当即提拔了明东江镇水营都司：尚可喜，为〈东江镇水营游击将军〉。
在兵变平息后的上疏中，明东江总镇总兵还将明东江镇坐营左参将：沈世魁，列为平叛有功人员之首，不过也让嚣张跋扈的黄总镇总兵，在吃了这计惊险后变得谨慎起来。
同时他还上书朝廷，请求治明登州卫中军左参将：耿仲明，的罪。
然而明登州卫中军左参将对于黄总镇总兵杀死弟弟的做法十分气愤，但毕竟是弟弟行为过于胆大，因此耿参将只得向明登莱巡抚：孙元化，汇报情况要他上奏朝廷，弹劾黄总镇总兵贪污军饷，这才导致了士兵哗变。
于是朝廷派人来查，结果查来查去也没有查清楚具体情况，只是给朝廷交了个调查报告，便不了了之了。
事后参与调查的明辽东总镇兵备道：杨嗣昌，秘密上报朝廷表示此事实为安抚明登莱巡抚、明东江总镇总兵之间的利益冲突，所以才故意上报说查不出结果，其实这个索饷事件，的幕后主使便是沈参将，但却杀了耿都司等人替罪。
10月25日，被围困近两个月的大凌河堡（广宁中左守御千户所）彻底弹尽粮绝陷入到困境当中，据从城里逃出来的一个商人叫：张翼辅，的开口说“城里边先是杀战马，吃马肉，待马肉吃光了，就吃人，先吃手无寸铁的筑城民夫，也吃那些饿死的士兵，惟有几个大官还有米一二升而已，没柴就用人骨，烤人肉吃。”
很显然，此时的大凌河堡（广宁中左守御千户所）城内已经变成了一座活地狱，因此后金天聪汗：爱新觉罗·皇太极，在通事以及汉官的汇报中，了解到情况后更加坚定劝降之事。
城内经过众将们的谈判明辽东总镇总兵：祖大寿，也做了最后决定，他主动写信邀请后金正白旗游击将军：瓜尔佳·石廷柱、后金三等副将：金砺，进城商议降金事宜。
当晚祖总镇总兵侄子明广宁中屯卫千总：祖可法、二子明广宁中屯卫副将：祖泽润、明援剿游击将军：刘天禄、明宁远卫右参将：张存仁，四人跟随后金正白旗游击将军一同到了后金军大营内。
后金天聪汗闻讯亲自出营迎接，四人半跪作揖便拜，后金天聪汗急忙上前一步搀扶，还以女真人最高贵的礼节抱腰礼相见，还设盛宴款待，四人被请至座中。
待谈好事情后于10月28日，明辽东总镇总兵杀死宁死不降的明辽东都指挥同知：何可纲，当即带领其余将领大开城门，率领众将们前去敌营。
后金天聪汗：爱新觉罗·皇太极，与后金大贝勒：爱新觉罗·代善、后金多罗贝勒：爱新觉罗·莽古尔泰，及众位贝勒众大臣们，一齐隆重迎接祖总镇总