而身带凶刃，不胜其数，环拥随护，势若叛然」为由，下令将其逮捕至京师。
11月初7日，行至北直隶河间府阜城县的，魏公公就从阉党成员明顺天府治中：李朝钦，那里提前得知了陛下要捉拿他回京问罪这个旨意，故此两人在痛饮一番后，便双双自缢而死。
其后北镇抚司锦衣卫缇骑来到时，按口谕将其磔尸，并把首级悬挂于河间府城楼之上，就连魏公公其侄明宁国公：魏良卿，也被北镇抚司锦衣卫缇骑在京师抓捕。
但他却解释道“吾生长田舍，得负耒耜足矣，何知富贵？今曰称功，明日颂德，功德巍巍，自当封拜，吾不合为珰侄，遂以袍册加身，是称功颂德者，以富贵逼我，吾何罪也？”
同日也被斩首。
至于浣衣局的客印月则被廷杖而杀，正要抓捕明太子太傅兼兵部尚书：崔呈秀，时他就在府中首先自缢。
其后明毅宗又召回了各地镇守的宦官，并且平反了天启末年迫害东林党的冤狱，还烧毁《三朝要典》，治定「钦定逆案」，将魏忠贤等255人均定为〈逆党〉其阉党门下的党羽或处死、或削官职、或充军，从而实现了拨乱反正之意。
时人评论此举不动声色，潜移默夺，非天纵英武，何以有此，也被东林党官员们拍手叫好，还向天下百姓军官们大肆宣传，从此江南一带的东林党官商们也就不用再交阉党定下来的税赋了，也算是变相的减少朝廷税赋，到最后变成了想方设法的抗税。
这对于明毅宗这个新皇来说，丝毫不亚于饮鸩解渴，好心做了坏事！
11月26日，明毅宗下诏称“连年加派，水旱频仍，商困役扰，民不卿生，朕自御极以来，孜孜民力艰苦，思与休息，今将苏杭现在织造解进，其余暂停，以示敬天恤民之意。”
得到大批百姓乃至当地官商们的一致叫好。
同时总督仓场的明户部尚书：苏茂相，核查京军粮饷时称“京军每年放三百余万石，今京通二仓米，只有二十六万九千五百七十三石，目前犹以旧积支吾，后将何继，北镇抚司锦衣卫官于万历间仅一万七千七百六十余人，逆珰增补，现在三万六千三百六十余人，多支米二十七万，文思院匠，官册七百五十三人，今增补为三千二百八十八人，多支米三万余石。”
上奏之后请求查覆，明毅宗皆准许。
12月11日，由于漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗：孛儿只斤·林丹汗巴图尔（虎墩兔）驱逐了驻鄂尔多斯河套部的大明顺义郡王兼鞑靼土默特部首领：孛儿只斤·卜失兔，并废除了济农：额璘臣，结果导致漠南蒙古右翼诸部相继归附后金汗国。
另一方面留守于辽河套的漠南蒙古察哈尔部也开始瓦解，不仅漠南蒙古奈曼部、敖汉部，两支鄂托克先后投靠后金汗国，就连漠南蒙古阿喇克卓特部也步其后尘而降金。
以至于其余的漠南蒙古浩齐特部、乌珠穆沁部、苏尼特部，这三鄂托克则只能北上投奔漠北喀尔喀部台吉：孛儿只斤·硕垒，（后来的车臣汗）处。
12月23日，明毅宗下令定魏忠贤阉党逆案时，明工部员外郎：王守履，等官员奏报，魏忠贤逆党，如文臣有；太子太傅兼兵部尚书：崔呈秀、前任兵部尚书：田吉、明工部尚书：吴淳夫、明都察院左副都御史：李夔龙、明太常寺寺卿：倪文焕，号称五虎。
而武臣则有；明北镇抚司锦衣卫左都督：田尔耕、明北镇抚司锦衣卫指挥佥事：许显纯、明东厂理邢官：孙云鹤、明北镇抚司锦衣卫理邢官：杨寰、明北镇抚司锦衣卫指挥同知：崔应元，号称五彪。
随后明毅宗下令将五虎、五彪人员，均打入法司议罪，由刑部商议制订，除了崔呈秀已死之外，吴淳夫、倪文焕，当削官职夺诰命。
而田吉、李夔龙，夺官职，田尔耕、许显纯，当场抓住论死，杨寰、孙云鹤、崔应元，等人则削夺官职。
但是明毅宗看后却认为未尽其罪，命令再议，最后下定；李夔龙、吴淳夫、倪文焕、田吉，等被调遣戍边，而田尔耕、许显纯，下罪论死，崔应元、孙云鹤、杨寰，也被调去戍边。
此时明武英殿大学士：韩火广，等官员们却不欲深究树怨，故诸人所拟之罪较轻，然而明毅宗先不管阉党审问情况，就直接下诏把天下所建魏忠贤逆祠，悉行拆毁变价。