明兵部尚书则说“应该另外设立一支四万人的军队。”
但明辽东总镇经略却说“这样一来，八里铺就有八万兵马了，那广宁前屯卫一片石西北就不派兵驻守了吗？在八里铺内修筑重关，新城后面就是旧城山海卫了，如此一来山海卫旧城前面埋的地雷，这是用来对付敌人的？还是用来对付自己新兵的？新城如果可以守的话，还用得着旧城吗？新城要是不能守，四万守兵倒戈，你是打算开关放敌人进来，还是闭关投降敌人？”
面对这话明兵部尚书解释道“山海卫关外，有三道关可以进入。”
可明辽东总镇经略就说“如果这样的话，假如敌人兵临城下，我军士兵们还像先前那样逃跑，哪里还用得上重关？”
对此明兵部尚书就说道“准备在山上建三座营寨，用来监督防止士兵们溃逃。”
不过明辽东总镇经略却依旧反驳道“士兵还没有溃败，就修筑营寨等待他们，你这不是在教士兵们逃跑吗？况且逃跑的士兵可以进来，那敌人也就可以尾随他们进来，你现在不为恢复做打算，却在这里闭关自守，把关外防线全部撤离，还天天在朝廷内争斗，京都以东还有安宁之日吗？”
面对孙总镇经略的指责，让明兵部尚书无话可说！
随后明辽东总镇经略：孙承宗，就召集诸将们商议，在关外防守的问题，由明宁前兵备道佥事：袁崇焕，首先主张驻守宁远卫，而明山海卫监军副使：阎鸣泰，则主张驻守觉华岛。
但明兵部尚书：王在晋，却反而主张驻守广宁中前守御千户所。
最后明辽东总镇经略还是采用了明宁前兵备道佥事的建议，上奏撤除王尚书官职，但却被明熹宗给调任王在晋为「南直隶兵部尚书」，并由孙总镇经略亲自出关镇守宁远卫。
还让蓟州镇（蓟州卫）、辽东都指挥使司各地原来的将领们监管各处，并见机行事，不必受到其他人的限制。
又提升明山海卫监军副使：阎鸣泰，为〈辽东总镇巡抚〉，还重用明兵部职方武选清吏司主事：鹿善继、明兵部主事：王则古，为「赞画」，并请求从国库中带走八十万两银子。
除此之外还让明山海卫总兵：江应诏，制定军事编制、明宁前兵备道佥事：袁崇焕，负责建造营房、明抚夷总兵：李秉诚，训练火器装备、明兵部职方清吏司主事：鹿善继、明兵部主事：王则古，一起处理军需物资。
明兵部武选清吏司主事：沈棨、明工部员外郎：杜应芳，负责维修甲仗、明兵部司务厅司务：孙元化，修筑炮台，明中书科中书舍人：宋献、明羽林卫经历使：程仑，购买军马、明广宁义兵备道佥事：万有孚，负责采伐树木。
至于明广宁中卫游击将军：祖大寿，就继续留在东部的觉华岛内辅助明广宁左屯卫右参将：金冠，海上驻防，明援辽左参将：陈谏、明援辽副总兵：赵率教，则驻守广宁前屯卫、明宁远卫游击将军：鲁之甲，负责拯救难民、明宁远卫副总兵：李承先，训练骑兵、明义州卫左参将：杨应乾，招募辽人编制成军队。
此外明辽东总镇经略：孙承宗，还发现先前关上的士兵没有纪律，而且有大量的不符合条件人，居然也站出来冒领军饷。
于是明辽东总镇经略阅兵后，就将河南府（河南卫）、真定府（真定卫），等地不符合条件的士兵全部遣返回乡。
又将明宁远卫游击将军所拯救出来的难民，给征召了七千人去驻守广宁前屯卫，再让明义州卫左参将招募的辽人军队去镇守宁远卫，并请求李氏朝鲜王国前来声援辽东都指挥使司。
还犒赏东江镇的明定辽右卫副总兵：毛文龙，为〈平辽副总兵〉挂「征虏前将军」印，负责驻守东江镇，让他四面防卫。
并传令给明山东总镇总兵兼山东都指挥佥事：沈有容，进据广鹿岛配合防守以及救援难民。
而后明山海卫总兵：江应诏，则被弹劾贪污军饷，明辽东总镇经略就上奏朝廷让明三屯营总兵：马世龙，代替，并让明抚宁卫总兵：尤世禄、明广宁前屯卫总兵：王世钦，为南北帅（左右参将）以听从马总兵调遣。
这些明熹宗：朱由校，都准奏并听从孙总镇经略的建议，还赐给马总兵［尚方宝剑］负责节制关内外门户。
而这两位帝师～明登莱巡抚：袁可立，与明辽东总镇经略：孙承宗，两人均同为天启二年殿试同考官，他们共同主持辽东都指挥使司战事期间东虏建奴鞑子压根不敢继续侵略。