宁卫、广宁中卫、广宁左卫、广宁右卫、广宁前卫、广宁后卫，等处招集从都司府辽阳卫散亡下来的军民，并激励士民们，并联络西部的漠南蒙古各部，才让人心稍微稳定一点。
这也让明辽东总镇巡抚兼暂代辽东总镇经略：薛国用，看重他的能力，还替他上奏朝廷，对此朝臣们都觉得其有才，也对其所奏请无不批准。
6月初6日，熊廷弼来朝复命了，首先请求停止之前言官们的贬谪，被明熹宗给拒绝了，并又提出分三方布置的策略，说道“广宁卫、广宁中卫、广宁左卫、广宁右卫、广宁前卫、广宁后卫，当用马步兵在三岔河上设立壁垒，再凭借山川形势来打击敌人，以牵制敌人的全部兵力，而天津卫、天津左卫、天津右卫、登州卫、莱州卫、威海卫，等各港口则应设置水师船队，乘虚打入敌人南方的驻地，辽南四卫动摇他们的军心，这样敌人势必就会有内顾之忧，如此辽阳卫就可以安心收复了。”
于是各官员们就在讨论登州卫、莱州卫，设立何人为巡抚之事？像天津三卫一样，首先由陶朗先充任，而山海卫特设经略一人管辖一方，统一事权。
接着明熹宗就封熊廷弼，为［兵部尚书兼都察院右都御史］驻扎在山海卫，负责经略辽东都指挥使司军务，又重新赐予〈尚方宝剑〉。
随后明兵部尚书兼都察院右都御史领辽东总镇经略：熊廷弼，就借此请出尚方宝剑，调兵二十余万，以兵马、粮草、器械之类责成户部、兵部、工部给出补给。
又请旨让明辽阳卫监司：高出、明定辽左卫指挥使兼监军：胡嘉栋、明辽阳卫督饷郎中：傅国，等人恢复官职，让他们继续理事。
还建议启用辽人明复州卫赞画主事：刘国缙，为〖登莱招练副使〗、明夔州卫指挥同知：佟卜年，为〔登莱监军佥事〕、明临洮府推官：洪敷教，为〈兵部职方清吏司主事，充当军前赞画〉用以收拢辽人的心。
这点均被明熹宗予以批准。
7月初1日，明辽东总镇经略：熊廷弼，启程时，明熹宗还特地赐他一身〈麒麟服〉，与四枚彩币，并设宴于郊外，并派文武大臣们为他陪酒、饯行，这是少有的礼遇。
事后又加派五千名京军三大营抽调勇士，作为前锋护送他前去辽东都指挥使司赴任。
此时新任的明兵部尚书兼陕西三边总督：张鹤鸣、明蓟辽总督：王象乾，也相继出关与明辽东总镇经略：熊廷弼，相遇。
但因新任的明辽东总镇经略性格刚毅好斗，且喜欢骂人，故此就与明兵部尚书：张鹤鸣，不合！互相之间产生了一些矛盾。
反倒是认为明广宁卫巡抚：王化贞，知书达礼，所以极度信任王巡抚，但是王巡抚本身就是个庸才，喜欢说大话，而且王巡抚所建议的事情张尚书几乎全都同意，也根本就不受熊总镇经略的节制。
这样一来熊总镇经略、王巡抚两人的矛盾，就日益加深了，也为边疆安全埋下了重要隐患。
又加之二人的守御方针不同，王巡抚主张分兵把守要害，熊总镇经略则主张集兵把守广宁卫、广宁中卫、广宁左卫、广宁右卫、广宁前卫、广宁后卫，一带因此两人遂有间隙，进而互相抵牾。
再加上明广宁卫巡抚主战，而明辽东总镇经略主守，却反而遭到了明兵部尚书及朝中大臣们多偏袒王巡抚。
7月11日，明惜薪司太监：魏忠贤，唆使明兵科左给事中：霍维华，私自上奏弹劾明司礼监秉笔太监：王安，让其降为〈南海子净军，既～南苑〉，而以明宝钞司太监：刘朝，为［南海子提督］在暗自挑唆其斩杀明南海子净军：王安。
故此明南海子提督：刘朝，刚到任后，就绝了明南海子净军：王安，的饮食，使得明南海子净军只得取篱园中的萝卜吃，三日内任然不死。
同时因明辽东总镇巡抚：薛国用，辞职告养，因此职位改由明广宁卫巡抚：王化贞，代替。
于是明辽东总镇巡抚：王化贞，就部署将领，沿河设立六所军营，每营设置左参将一人、守备一人，各自画地分守。
至于西平堡、镇武堡、盘山驿、平洋桥堡，等要害地带则分别设立防哨，此议报上后，明辽东总镇经略：熊廷弼，却不以为然，反而上书称；河面狭窄不可靠，城堡太小难容驻兵，现在只应牢牢地守住广宁六卫即可，如果分兵在河上驻守，那部队分散力量就弱小了，敌人若用轻骑兵偷偷渡过河来，专攻一所营房，那么我军力量必然不支！