俱为大明天子所有。
导致内阁大臣们再次极论矿税害民状，又言“开矿破坏天下名山大川，尽伤灵气，恐对陛下身体大为不利，只有急停开矿，灵气才能恢复。”
为此明神宗于12月初2日，下诏罢天下矿税，以税务收归有司，以岁输所入的一半归于内府，另一半归户、工二部，时称“停矿分税”。
然而矿监税使们却并没有撤回来，其害一直延续到明神宗病死，方告结束。
明万历三十四年公元1606年正月24日，由于明神宗下诏罢免全国矿税，所以遭到平时获利的矿监税使们的反抗，明陕西税监矿使：梁永，不仅坚持不撤陕西承宣布政使司咸阳县、陕西都指挥使司潼关卫，两地的税役，且纠集无赖纵横苛征，渔肉百姓，滥捕无辜百姓数十人，横加拷掠，勒索民财，致使人心惶惶。
因此明陕西总镇巡抚兼都察院右副都御史：顾其志，为平民愤，将首要分子明陕西税监右少监：王遇义，等人依法治罪。
这让明陕西税监矿使大为恼恨，伺机报复。
此时其党咸阳县百姓：胡奉因，与明咸阳县知县：陈时济，积有私怨，就即唆使明陕西税监矿使令取咸阳县绒毡一千五百件，价值计银四千两。
因而被明咸阳县知县给拒绝，怒而不给，被明陕西税监矿使诬告明咸阳县知县抗旨劫税，遭到明神宗下令逮捕明咸阳县知县！
正月28日，云南承宣布政使司边境上的蛮莫安抚使司、孟养长官使司，相继失陷！
2月11日，由于明皇三子福亲王：朱常洵，出生时即封其生母明郑贵妃：郑妙瑾，为皇贵妃，而对明皇长子：朱常洛，之生母明王恭妃：王淑蓉，却迟迟不依廷臣之请进封为皇贵妃。
在未立皇太子之时，此事就曾引起种种猜测，闹得满城风雨，现在明神宗刚刚觉悟，开始进封明王恭妃为〈皇贵妃〉。
3月初6日，明云南税监矿使：杨荣，长期恣行威福，破坏祖宗制度，奏开宝井，又胁迫当地土司献地开矿，致使边境不安，外夷乘机用兵，犯我边民。
被明云南总镇巡按：宋兴祖，上疏弹劾，但明神宗却不理！
使得明云南税监矿使由是怙宠益横，也让云南承宣布政使司各族人民无不恨之入骨，首先由腾越州（腾冲卫）人民发起暴动。
此时明云南矿监税使非但不悬崖勒马，改弦更张，反而还怙恶不悛，先将孝敬财宝不足的几位知府投入比刑部牢狱，还惨毒百倍的北镇抚司锦衣卫「诏狱」。
还将抗击开矿的明越州卫指挥使：樊高明，打断肋骨后戴枷示众，又以求马不获继续毒虐，残酷杀害居民数千人。
还进一步以取马四十匹不足数为由，擅自逮捕了明平夷卫指挥使：贺瑞凤，且令明广南卫指挥使：于可继，等人大肆宣称要尽捕；云南前卫、云南后卫、云南左卫、云南右卫、云南中卫、曲靖卫，这六个卫的将领问罪。
弄得人人自危！
3月11日，明云南前卫指挥使：贺世勋、明曲靖卫指挥使：韩光大，等将领忍无可忍，带领冤民万余人，冲入杨矿监税使的官署，放火焚烧，并杀死杨荣，为民申冤，还斩杀其党二百余人，释放奴隶百人。
明神宗：朱翊钧，得知明云南矿监税使被杀后，数日不进食，且欲逮问守土官。
但经过明东阁大学士：沈鲤，再三劝解，以及明司礼监左少监：陈矩，详细分析利害，明神宗才怒气稍消，命令只杀明云南前卫指挥使一人。
4月初9日，因贵州承宣布政使司石阡府苗民长官使司有叛变行为，故此明贵州总镇巡抚：郭子章，就命明贵州总镇总兵：陈璘，率部一万人攻打苗民长官使司附近的水硍山。
攻克了水硍山之后，又移师到新添屯，独攻东路，又攻克后，让苗民长官使司完全与外界切断，才安定下来投降明军。
5月13日，参加万历朝鲜战争的福建承宣布政使司漳州府漳浦县同里人士，明镇海卫守备：刘志迈，被罢回家之后，与明同里庠生：程可兆，等人暗中组织群众千余人，共图起事。
5月18日晚，刘志迈带领众人在漳浦县城教场上祭旗，约定于第二天发动起事，却不料遇大风雨，便改为5月25日，并分众人各自二百人于城内外相互呼应。
同里百姓：李调梅，得知此消息后，密告明漳浦县知县：黄应举，让他主持公道。
5月21日，漠南蒙古内喀尔喀翁吉喇部大汗：孛儿只斤·斋赛，又联络了一批漠南蒙古内喀尔喀五部的贝勒们，携带好骆驼和马匹，拿出之前缴获的赦书，继续化妆成商队前去建州女真八部。