因此明神宗：朱翊钧，亦待以优礼，并赐屋于宣武门内，其所需银、米，冠带等俱由朝廷按时供给。
同时泰西传教士：利玛窦，在传播宗教的时候，还介绍了西方比较先进的科学技术知识，并把大明帝国的传统文化介绍到西方去，叫做（西学东渐）和〈东学西渐〉之事。
2月初6日，叶赫女真部东城贝勒：纳拉·纳林布禄，闻讯哈达女真部贝勒：纳拉·吴尔古代，继承了贝勒爷职位还得朝廷敕书，让叶赫女真部东城贝勒有些嫉妒。
随即联合了漠南蒙古诸部一起去劫掠哈达女真部，总共掠走敕书六十多道。
2月14日，湖广承宣布政使司武昌府（武昌卫、武昌左卫、武昌护卫）地区百姓们，得知官府派吏役抵达武昌府境内逮捕明湖广提刑按察使司分巡佥事：冯应京，时均相率痛哭，愤愤不平，要为冯大人呼冤号屈。
因明湖广矿监税使：陈奉，利用官职肆意压榨百姓，欺负民女，又残害婴儿，故此被明湖广提刑按察使司分巡佥事举报，怎奈这位明湖广矿监税使朝中有后台，无人敢动他。
故此明湖广矿监税使四处派人，到大街小巷去公布明湖广提刑按察使司分巡佥事的罪状，一时间就引起了士民们的公愤。
3月26日，百姓们集合数万人，群起包围陈奉的矿监税使衙门，还声言道“誓必杀奉。”
此举吓得陈奉狼狈逃匿到楚亲王府内避难。
但愤怒的群众遂把其党十六人，全部投入长江中溺死。
同时又恨明湖广总镇巡抚：支可大，为恶助虐，焚其湖广总镇巡抚衙门，威逼支总镇巡抚让他不敢出门。
直到冯应京坐着囚车出来劝解，群众们才慢慢离开，但明湖广矿监税使依旧在楚亲王府仪卫司、楚亲王府护卫指挥使司（武昌护卫）的保护下，一个多月不敢露面。
5月11日，明司礼监太监：孙隆，督税浙江承宣布政使司、南直隶，驻扎在苏州府（苏州卫），任意横征暴敛，肆意增加苛捐杂税，致使广大机户关厂停产，织工失业。
6月初6日，苏州府织工：葛贤，毅然领导百姓进行反抗斗争，将孙隆的随员、明苏州府税官：黄建节，等六七人投入河中，又放火焚烧了明南直隶矿监税使：汤莘，等人的住宅，还包围矿监税使衙门，并要求停止征税，史称「苏州府民变」。
事后明神宗：朱翊钧，下令逮捕参加暴动者，葛贤视死如归，挺身而出，投案自首，舍己救人，被关下狱至万历四十一年才获释出狱。
7月10日，漠南蒙古永谢布部与漠南蒙古多罗土蛮部合军进犯大明陕西行都指挥使司镇番卫，被明延绥总镇总兵：达云、明镇番卫总兵：葛赖，等将领联军大破蒙军，斩首三百七十余人。
捷报传至京师后，明神宗为之祭告太庙、并颁行赏赐，封赏将领。
9月10日，朝廷又起用了被罢免的前任明辽东总镇总兵兼宁远伯：李成梁，希望他能够扭转当时辽东都指挥使司那恶劣的局势。
在明辽东总镇总兵：李成梁，上任后依旧采用了，原来对付女真各部的分化瓦解政策，他利用了明建州右卫军民指挥使：爱新觉罗·舒尔哈齐，和他兄长的矛盾，大力拉拢他，还对他恩礼有加，格外器重。
为此还让二子明贵州都指挥同知：李如柏，娶明建州右卫军民指挥使的二女儿：爱新觉罗·额恩哲，为妾并建立起亲家关系。
从而孤立了明建州左卫军民指挥使：佟·努尔哈赤（爱新觉罗·努尔哈赤）以达到建州女真八部的内乱局面。
10月15日，因明建极殿大学士：沈一贯，等人一再疏请，明神宗终于同意册立明皇长子：朱常洛，为皇太子。
同时还册封明皇三子：朱常洵，为福亲王、明皇五子：朱常浩，为瑞亲王、明皇六子：朱常润，为惠亲王、明皇七子：朱常瀛，为桂亲王，并颁诏布告天下。
10月28日，明皇太子：朱常洛，服黑色冕服九章加冠，明皇三子福亲王：朱常洵、明皇五子瑞亲王：朱常浩、明皇六子惠亲王：朱常润、明皇七子桂亲王：朱常瀛，诸藩王亦加冠服蓝色冕服九章。
到此历时十六年之久的「国本之争」就结束了。
此时李氏朝鲜王国的大臣们，也纷纷上奏明神宗要求册封李氏朝鲜宣祖河城大君昭敬郡王：李昖，的王二子抚君司光海君：李珲，为〈世子邸下〉却被大明礼部给拒绝了，原因是因为国本之争要遵循长幼有序。
12月初8日，因辽东都指挥使司开原卫、广宁卫、广宁中卫、广宁左卫、广宁右卫、广宁前卫、广宁后卫，两地马市，以及义州卫、广宁后屯卫木市屡次遭受兀良哈朵颜卫诸部犯边，遂被朝廷罢之。
但明辽东总镇巡抚兼都察院右佥都御史：李植，却上奏表示；辽东都指挥使司开原卫、广宁卫、广宁中卫、广宁左卫、广宁右卫、广宁前卫、广宁后卫，两地马市以及义州卫、广宁后屯卫木市，的兴废经过，并以事