播州叛军返回途中又在重庆府綦江县官坝堡、三溪堡、母渡堡、小河堡，等地纵兵抢劫，掳掠人口，强令部分老弱军民守营、少壮做搬运苦力，还强??暴妇女，反抗者均惨遭杀害。
其中在綦江县扶欢堡内屠杀居民，就导致尸横遍野，血流成河，不计其数的平民尸体顺江漂出，惨不忍睹！
随后播州叛军们还先屯兵于三溪堡，立界碑于三溪堡、母渡堡、东乡坝，之间声称所占土地为［杨氏宣慰使官庄］并声称；重庆府江津县、合州，乃是播州宣慰使司故土？
只因明军屯兵于重庆府南川县、泸州合江县一带，才让叛贼首领不敢贸然挺进。
9月12日，缅甸军民宣慰使司兼东吁王朝国主良渊王：明耶仰达梅（汉名：莽雍罕）派遣长子：阿那毕隆，率领1百头战象、5百名骑兵、2千名士卒征讨孟拱城、孟养长官使司。
导致明孟养长官使：思轰，立刻率大军在内巴布山固守，但因兵力薄弱，不支缅军败北，随即渡河扎营进行坚守，并派人请援。
很快云南承宣布政使司当局就令干崖宣抚使司、南甸宣抚使司土兵赶赴金沙江救援，又令明蛮莫安抚使：思正，出兵坎哈城去截断缅军归路。
打得缅军迅速被击溃。
10月初7日，明神宗得知消息事情后大怒，当即就下令剥夺明四川总镇巡抚：谭希思、明贵州总镇巡抚：江东之，的职位，以明都察院右副都御史：郭子章，代替「贵州总镇巡抚」一职，在以明湖广川贵总督：李化龙，代替〈四川总镇巡抚〉一职。
并调明四川都指挥同知：刘綎、明大同总镇总兵：麻贵、明湖广总镇总兵：陈璘、明蓟州总镇总兵：董一元，迅速集合。
所有南征众将，都统一划归到明湖广川贵总督兼四川总镇巡抚：李化龙，的指挥下，还命令明湖广川贵总督负责，驻守在四川承宣布政使司重庆府重庆卫境内进行军事调度。
11月初9日，叛贼首领又屯兵官坝堡，声称窥蜀，然后悄悄回师东进，焚烧东坡烂桥，使得黄平安抚使司、黄平守御千户所、贵州承宣布政使司石阡府龙泉坪长官使司，两处所在告急。
接着播州宣慰使司叛军，又进兵贵州都指挥使司偏桥卫（偏桥长官使司），前去掠夺兴隆卫、镇远府（镇远卫），以打通黔楚线路，并兵分五路攻破贵州承宣布政使司石阡府龙泉坪长官使司。
很快明湖广川贵总督兼四川总镇巡抚，就商议要安置重兵万人，据守要害，以打通湖广承宣布政使司、贵州承宣布政使司，这两处通道。
但是明贵州总镇总兵：童元镇，却拥兵在铜仁府首府铜仁长官使司不敢上前，当即就被革职戴罪立功，改由明四川总镇副总兵：李应祥，代替，还命明都察院右佥都御史：江铎，巡抚偏桥卫、偏桥长官使司、镇远府、镇远卫，以监视好明偏桥卫指挥使：陈天宠，防止他再次勾结播州宣慰使司叛军。
明万历二十八年公元1600年正月12日，叛贼首领：杨应龙，统兵数万，分五路攻陷了贵州承宣布政使司石阡府龙泉坪长官使司，逼得朝廷讷各地都指挥使司人马会剿。
由明湖广川贵总督：李化龙，统帅八路大军，其中；川军分四路、黔军分三路、楚军分一路，以明贵州总镇巡抚：郭子章，驻守贵州承宣布政使司贵阳府首府贵州宣慰使司、贵州卫、贵州前卫、贵竹长官使司一带调度。
而明湖广总镇巡抚：支可大，则移驻到铜仁府首府铜仁长官使司就近督阵。
2月12日，明军分道并进，每路约为三万人马，官兵十分之三，土司兵十分之七，以明湖广川贵总督为主自将中军策应，开始经历一百一十四天的激战。
2月15日，明湖广总镇总兵：陈璘，率领明湖广总镇左参将：陈良玭，与播州叛乱首领：杨应龙，之子：杨朝栋，交战，贼军受挫，逃到龙溪山会和其余叛军继续抵抗明军。
明湖广总镇总兵在安抚完苗民之后，就进军龙溪山，在侦察后又得知敌人有埋伏，随即就命令明广州左卫海防右参将：陈策，用火器攻打，叛军们则居高临下。
但明湖广总镇总兵却悍不畏死，首先登山，杀死后退的校旗官示众，还命众将士们奋勇而战，使得敌军大败而逃。
其中明湖广总镇总兵的两个左右参将追击而去，中叛军埋伏战死。
于是明湖广总镇总兵就招募了敢死队，跟随明赤水卫把总：吴应龙，等人猛攻，叛军逃到山顶，晚上又逃到袁家渡。