7月24日，明福建提刑按察佥事：李琯，上疏弹劾论前任明内阁首辅：申时行，十大罪！其一；明盐城县训导：庞尚鸿，奏寿宫（明神宗选择的陵墓）有水、不吉利，但明内阁首辅却置之不理。其二；倡言陛下欲另立皇太子，谋拥立之功。其三；请陛下下诏禁言路。其四；将明南直隶国子监司业：刘应秋、明广东布政使司右参议：章守诚、明南直隶吏部验封清吏司主事：蔡时鼎，告发自己罪状的奏折留中不发，其欺君罔上行为甚于张阁老。其五；其子：申用嘉，假冒籍贯，中浙江承宣布政使司乡试、其婿：李鸿，假冒籍贯纳监，村民：沈璟强、汪让，代为取中。其六；纵容家人：宋九通，贿纳京卫经历使司，未尝历俸，竟得双封。其七；受明兵部右侍郎兼都察院左副都御史：郜光先，之贿金，而私授他为总制陕西三边总督军务官职，致使敌寇盘跨两川。其八；私收明辽东总镇总兵：李成梁，贿金为他掩盖败绩，阵亡八百人，竟反以奏捷议赏。其九；为明湖广总镇巡抚兼都察院右副都御史：秦耀，报私怨，而暗中排挤明吏部尚书：宋琯，为明金门守御千户：徐春时，复私仇，而排斥明吏科左给事中：张养蒙。其十；接受被罢官回府听候处理的明漳州府知府：胡继新，之珠宝而私自将其留用，接受因罪被审问的明神武中卫指挥佥事：李时孝，之宝玉，而免去其罪。
最后还列举了明文渊阁大学士：王锡爵，的诸多不法事件，称其与明内阁首辅：申时行，是；同恶相济、宜并罢斥，以正欺蔽之奸。
在明福建提刑按察佥事：李琯，将奏折呈上去之后，明武英殿大学士：许国，立刻辩说法司弹劾阁臣无先例。
于是明神宗：朱翊钧，就开始传令由；六部、六科，进行私议，处决把李琯革职为民。
8月初9日，南直隶凤阳行都督府泗州以及泗州卫爆发大水，淹没了卫指挥所公署三尺深，溺死军民无数，且浸及凤阳行都督府中都留守司祖陵〈孝陵卫〉。
为此明南直隶工部尚书：曾同亨，就奏报此事上朝堂，当即惹得群臣们议论纷纷，明神宗遂命明工科给事中：张贞观，立刻前往凤阳行都督府泗州卫勘察水势。
9月12日，河套打儿汉子部首领：土昧，与河套永谢布部首领：唐兀·明安，打算向朝廷提出互市请求，复开临边要赏，还声犯内地以求赦书。
这引起了坐镇在陕西承宣布政使司的，明兵部尚书兼陕西三边总督：魏学曾，的注意，他特地传令让明延绥总镇总兵：杜桐，率军出击，打算斩杀河套永谢布部首领。
很快明延绥总镇总兵：杜桐，就与明延绥总镇巡抚：贾仁元，用计先出兵奇袭河套永谢布部，逼出首领并追击。
在让明榆林卫右参将：张刚，出延安府葭州神木县镇羌守御千户所，而明镇羌守御千户所游击将军：李绍祖，则从延绥总镇孤山堡出击，主力方面由明延绥总镇总兵：杜桐，率领轻骑自延绥总镇榆林卫，三道并进共同夹击敌寇。
明军一遭遇到河套永谢部就力战，大破敌军斩首四百七十三人，其中河套永谢部首领：唐兀·明安，被明军火铳队射杀。
消息传开之后，河套部驻扎的漠南蒙古各部就像炸开了锅一样，以原大明袄儿都指挥使司，现今河套鄂尔多斯部为主打头阵，打算对明军进行报复，自此陕西承宣布政使司兵端复开。
由河套永谢布部首领之子：唐兀·摆言太，日思报复大明帝国，便打算联合明袄儿都指挥同知：孛儿只斤·博硕克图济农、大明顺义郡王兼漠南蒙古土默特部副首领：孛儿只斤·卜失兔、漠南蒙古多罗土蛮部首领：孛儿只斤·火落赤、河套鄂尔多斯部忙忽军民千户：垒青古拉齐（铁雷）、河套鄂尔多斯部万户兼吉能：孛儿只斤·诺延达喇，河套鄂尔多斯部幹鲁忽奴千户：孛儿只斤·切尽黄台吉、漠南蒙古敖汉部首领：孛儿只斤·小歹青，等部一起进攻大明帝国。
导致明延绥总镇总兵：杜桐，先是被朝臣给弹劾罢免，后又被明神宗觉得他有斩杀敌军的功劳，便授封为「右军都督府署都督佥事」。
10月初1日，明南直隶工部尚书：曾同亨，督工，请「清皇内府工匠」由其弟明南直隶光禄寺少卿：曾乾享，上疏请求；裁冗员以裕经费。
京营各路武官们则听信流言，误以为要欲减其俸粮，便共同起事拥兵从内城直入左右长安门，欲向皇城内的内阁群臣们控诉情况，恰好就偶遇到明南直隶工部尚书出朝至此，遂闹嚷大哗围而辱之。
幸好明兵部尚书：石星，闻讯立即前往，并传旨宣布解散闹事的京营武将，还惩罚了掌管后军都督府事务的明太子太保兼定国公：徐文璧，并夺俸半年。
而守门官则由法司提审问罪。
同时明辽东总镇总兵兼宁远伯：李成梁，随着他官场的不断发展，为越发变得贵极而骄，奢侈无度，全辽的商民之利他都揽入自己名下，从此他结交权门和朝廷的官员。
在11月初9日，被明都察院山东道监察御史：张鹤鸣，给弹劾，不成想明神宗直接