然而久不视朝的明神宗，却再一次令内官传旨道“奏对数多，不耐劳剧，不临朝视政。”
并传令免去在京升任授官们的面谢礼，此后明神宗视朝次数越来越少！但也并非不上朝，只是偶尔临朝听政。
3月16日，因云南承宣布政使司永昌军民府一带，之前招募了川、楚、粤，三处亡命之徒为兵，分立在永昌军民府腾越州（腾冲卫）、姚安军民总管府首府姚州（姚安守御千户所）以及姚安中屯守御千户所两营。
还以明大理府副总兵：刘綎，统领腾冲卫军营，明楚雄府副总兵：邓子龙，统领姚安守御千户所以及姚安中屯守御千户所军营。
由于结果两营主帅均持功骄傲不服对方，再加上管理范围有冲突，导致两营军队相遇之时，发生了斗殴事件，被地方官员们上报朝廷，明神宗又因二将皆有功而视之不见。
仅仅只是把刘副总兵给调走，并换成了明永昌军民府副总兵：刘天俸，上任。
他本人就属于地方土司血统，再加上性格暴躁，经常放纵士兵欺负百姓，因此被抓。
于是明神宗就让明楚雄府副总兵：邓子龙，来兼管两营，但明楚雄府副总兵却偏袒自己的老部下姚安守御千户所以及姚安中屯守御千户所军营将士。
而把苦活累活都让腾冲卫军营将士们来做。
就连吃饭的时候，姚安守御千户所与姚安中屯守御千户所军营将士的膳食，也都是腾冲卫军营的两倍，结果就导致姚安守御千户所与姚安中屯守御千户所军营将士们，均养成了骄奢的习惯，因索要军饷不成，而直接开始造反。
再加上叛军毕竟是职业军人，所以战斗力极其强大。
他们在教场上面树起大旗，杀掠居民，抢夺马匹，声称要赏银，并聚众一路往西过大理府洱海卫、蒙化府蒙化卫，从而杀入永昌军民府永平县（永平守御前前千户所、永平守御右右千户所），但因城门尽闭不得进入。
又逢大理府大罗卫、洱海卫，两处明军追击而来，才迫使叛军们转入大理府首府太和县（大理卫），去沿途剽掠卫所军民。
消息很快就引得明黔国公兼太子太保：沐昌祚、明云南总镇巡抚兼都察院右佥都御史：萧彦，的注意，他俩决定一起督兵夹击，最终斩杀叛军八十四人，俘获六百八十人。
使得叛军们不得已诈降，再败逃云南府安宁州（安宁守御千户所、琅井提举司）、武定军民府首府和曲州（武定守御千户所）、姚安军民总管府（姚安守御千户所）一带地区。
4月初7日，广东承宣布政使司南雄府始兴县僧人：李圆朗，在朔源村下洞水宝庆庵内「造妖书」来煽动人心，还言有易死还生，先天演禽及剪纸为人马之术。
夜间，则飞动并飞劫杀人的诸秘法，诡称韶州府翁源县人：王子龙，为齐冲天将军兼金统帝：黄巢，之后裔？
并且留有金统帝遗产十二窑，愿从者可瓜分之。
又称王子龙乃弥勒降生，子丑年天有大灾，鬼将食人，捐资自投者给米符可免。
就这样经过一番舆论准备之后，妖僧：李圆朗，就与王子龙聚集在南雄府始兴县、韶州府翁源县这两地，聚集了白莲教徒共有数百人，开始发动武装造反。
并分兵到处杀害富商来祭旗鸣金，又出兵攻打南雄府附近县城，声势甚大。
当即来受到了广东承宣布政使司南雄府官员们的重视，还准备集结好乡兵进行镇压，这股白莲教乱军。
很快王子龙就当即被明军抓住斩首示众，而妖僧：李圆朗，则在4月初9日，就被明督察院右都御史兼南赣巡抚：秦耀，俘虏并五马分尸了。
4月20日，明兵部尚书：赵焕，根据明都察院左佥都御史兼福建总镇巡抚：周寀，的建议，以福建承宣布政使司漳州府沿海居民贩海通倭寇为由，规定东、西二洋，各派船只四十四艘，不得超过限额。
6月初6日，北直隶河间府静海县、沧州（沧州守御千户所）、景州吴桥县，一带运河地区突然刮起大风，导致漕船互击淹溺了二十三人，还失去漕米三千一百五十七石。
同时明云南总镇巡抚：萧彦，调集了云南都指挥使司的滇军以及土司兵，对叛军们进行围剿，于6月11日彻底平定。
其中明楚雄府副总兵：邓子龙，也因此被调去广西承宣布政使司境内。
7月18日，漠南蒙古多罗土蛮部首领：孛儿只斤·火落赤，攻击大明陕西行都指挥使司西宁卫境内的僧纲司瞿昙寺。
9月17日，明建州左卫军民指挥佥事：佟·努尔哈赤，在解决了建州女真董鄂部的问题之后，又有董鄂女真部首领：董鄂·何和礼，前来率部投降。