而兆佳女真部城主：李岱，事先接到密报，已经聚兵登城早有戒备，这让明建州左卫军民千户：佟·努尔哈赤，见状不得不亲自身先士卒，率领军队奋力强攻。
其中明建州左卫军民总旗：钮祜禄·额亦都，率先登上城墙领兵跟进，守城的兆佳女真兵们力不能支，竟出现了全线溃败的情况，还导致兆佳女真部城主被俘。
同时在北直隶京畿顺天府紫禁城内，明神宗：朱翊钧，急召明通政使司左通政：海瑞，为南直隶都察院右佥都御史，命他即刻赴任。
当时明南直隶都察院右佥都御史：海瑞，已经七十二岁了，他直言上疏称自己衰老垂死，愿意效仿古人尸谏的意思，并列举出明太祖吴王洪武高皇帝陛下：朱元璋，的刑法。
剥人皮装上草制成皮囊，以及定律枉法多达八十贯，均用以判处绞刑的规定。
并且还说应当用这样的方法，来惩治贪官污吏，其它谋划时政，言语极为切实，只有劝皇帝用暴虐刑法才能治国。
然而当时南北直隶都察院的官员们评议，都认为这样做是错误的？故此由明都察院经历使：梅鹍祚，出面弹劾明南直隶都察院右佥都御史：海瑞。
好在明神宗明察秋毫，认为明南直隶都察院右佥都御史言论虽有过失，却清楚的意识到海大人的忠诚，为此只是免去明都察院经历使的俸禄，并改任海瑞为南直隶吏部右侍郎。
3月10日，朝廷下令明元江军民府知府：那恕，去招抚明车里军民宣慰使：刀糯猛，因嘉靖年间，车里军民宣慰使司就曾以大车里（既；宣慰使司南部）应缅甸军民宣慰使司，而以小车里（既；北部普耳县一带）应大明帝国。
这次在明军对缅甸军民宣慰使司兼东吁王朝的自卫反击战中，取得了胜利的形势下，明车里军民宣慰使才复归大明帝国，并进献训象、金屏、象牙诸物，以求谢罪。
在这种情况下，明神宗不计前嫌恢复了他的大明车里军民宣慰使官职。
4月初10日，礼部重修「大明会典」，要刑部提供有关法律资料，明刑部尚书：舒化，与明吏部尚书：杨巍，遂选辑自明嘉靖三十四年公元1555年，历次诏令以及〈宗藩条例〉、〈军政条例〉、〈捕盗条例〉、〈漕运议单〉中与法律相关的条款，以律令为正文，以事例为附注，共三百八十二条，汇编成书，定名为〔问刑条例〕。
5月19日，明神宗早朝退了之后，就以平台方式召见明内阁首辅：申时行，等官员们商议大事。
明陕西总镇巡按兼都察院广西道监察御史：董子行，趁机上奏疏称“总镇巡抚、总镇巡按，官员当亲自巡历地方，不可推诿给其余将吏，总镇巡抚宜久任，沿边兵备道官员宜加优待，沿边同知、通判等官员宜慎选用，破格迁除。”
此刻明神宗则回复道“董爱卿所言甚是，边疆之事重大，若总镇巡抚、总镇巡按，官员不亲历地方，而专委小官，岂不误事也！”
但明内阁首辅等官员却上奏说“就如陛下所言，边疆之事全赖总镇巡抚、总镇巡按，官员他们每年巡历地方，而下人不敢欺骗，自能尽心料理，若总镇巡抚久任，却不惟人才得以展布，发挥作用，而百姓亦得相安无事。”
然而明神宗则说“总镇巡抚久任者，宁可加俸加衔，也不行以亲故赞其成，非大臣谋国之忠。”
立刻就被明内阁首辅奏辩道“当初陛下阅视此地时，都察院江西道监察御史李大人、都察院河南道监察御史江大人，可并没有说起此事，若轻易更动乃辅臣召对之典，自孝庙后至是再举。”
由此引起了明神宗的注意。
6月17日，四川都指挥使司永宁卫建武守御千户所内，参加哗变的士兵将领如；明建武守御副千户：范泰龙、明建武守御千户所镇抚使：李德，等十余人被杀，并传首所部兵营。
又有四川承宣布政使司龙安府平武县杨柳蕃人进犯松潘卫金瓶堡，以及成都府茂州（茂州卫）岳希蓬长官使司蕃人联合起来，集结成48寨，共同北上进犯叠溪守御千户所与叠溪长官使司、郁即长官使司、普安堡、归水岩，一带导致川西震惊。
随后明四川总镇巡抚：雒遵，得知消息后，急忙派遣明四川总镇总兵：李应祥，率兵前去征讨，以防叛军们扩大战局骚扰军民。
6月23日，明建州左卫军民千户：佟·努尔哈赤，为了报复堂弟章佳氏四世祖：爱新觉罗·萨木占，袭杀妹夫明建州左卫军民百户：噶哈善·哈思虎，之仇。
故此特意率兵4百人，前往马尔墩寨征讨。
其中；爱新觉罗·纳木占、爱新觉罗·萨木占，兄弟俩就与分支女真族人：章佳·油申、章佳·完济汉，一起对抗建州左卫军民指挥使司军队，苦战四日最终马尔敦寨城破。
章佳·油申、章佳·完济汉，两人逃往建州右卫军民指挥使司界凡城地界。
紧接着漠南蒙古内喀尔喀巴林部首领：孛儿只斤·把兔儿，为报父汗：孛儿只斤·速